了解蛋白质结构是生物科学领域的重要研究内容之一。其中,蛋白质结构预测和分子动力学模拟是两个常用的方法。本文将分别介绍这两种方法的原理、应用及优缺点。 一、蛋白质结构预测 蛋白质结构预测是指根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构。由于在实验条件下测定蛋白质结构非常困难,因此这种方法在现代生物化学和计算机科学...
天玑算 | 分子动力学模拟:动力学揭示蛋白突变对蛋白质功能的影响 天玑算-科研服务 227 0 天玑算 | 分子动力学:对接计算引导增强抗病毒感染免疫应答 天玑算-科研服务 213 0 天玑算 | 分子动力学:基于计算模拟研究DAPG衍生物的杀菌机理 天玑算-科研服务 139 0 天玑算-科研服务 | 分子动力学:vmd数据处理(MD...
分子对接理论与实操讲解(二) 恒定PH分子动力学 恒定PH分子动力学(二) 对接和动力学选择蛋白质结构的注意事项 DS可视化理论讲解与安装 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟 结合自由能计算 对接后的分子动力学模拟-力场选择与结构处理 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟2(下) 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟2(上) ...
吉林大学生命科学学院韩葳葳教授、美国密苏里大学电气工程和计算机科学系许东教授科研团队提出一种高效、可操作性强的分子动力学模拟分析方法(NRI-MD),该方法首次将深度学习的图神经网络(GNN)运用于分子动力学模拟分析,基于模拟轨迹的原子速度和位置数据,通过神经关系推理模型(NRI)直接推断出酶分子动力学模拟中残基的相互作...
分子动力学模拟能够模拟蛋白质表面的性质及与其他生物分子的交互。通过模拟不同的物理条件和环境影响,可以研究蛋白质的溶解度、表面疏水性、电性质等,进而预测蛋白质和其他生物分子的结合能力、互作效率等特性。在药物设计中,这种研究方法非常重要。比如,利用分子动力学模拟手段可以预测药物分子和蛋白质之间的互作模式,进而...
建议你先约束蛋白质和小分子，平衡体系中的水一段时间，再放开蛋白质除C-alpha以外的原子，，平衡一段...
分子对接完全没法体现蛋白整体的运动；此外，分子对接未考虑时间因素，只看是否结合，有可能结合上去马上就...
4.6 分子结构分析:hbond,order,principal,spol等 4.7 静电作用分析:dielectric,dipoles,potential 5 水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟 5.1配体分子的处理 5.2 蛋白结构的处理 5.3 修改蛋白坐标文件 5.4 修改拓扑文件 5.5 构建盒子并放入溶剂 5.6 平衡系统电荷 ...
分子之间的结合动力学(解离速率常数k off 和滞留时间)与药物小分子的药效和 毒性等药代动力学性质密切相关,所以在以靶蛋白和药物小分子的热力学性质为 依据进行药物设计时应同时考虑它们的结合动力学性质。基于蛋白质和小分子热 力学和动力学的计算方法和预测热力学和动力学的重要性,本论文的研究内容主 ...
蛋白配体复合物 linux 结构生物学 分子模拟 GROMACS 必剪创作 我们都爱搞学习·第三期 【Linux】在Windows系统中安装Linux子系统 大大大大大可丶 39:15 GROMACS系列教程之一: 小分子过双层磷脂膜PMF的计算流程 Perfectaabb 5720 【PyMOL】开源版PyMOL安装教程 ...