天玑算 | 分子动力学:分子动力学建模基础(MD+Lammps) 397 0 天玑算 | 分子动力学:长链聚合物建模和参数化(MD+Gromacs) 339 0 天玑算 | 分子动力学模拟:动力学揭示蛋白突变对蛋白质功能的影响 206 0 天玑算 | 分子动力学:lammps分子动力学培训建模篇(MD+Lammps) 459 0 天玑算 | 分子动力学:lammps...
分子动力学模拟能够模拟蛋白质表面的性质及与其他生物分子的交互。通过模拟不同的物理条件和环境影响,可以研究蛋白质的溶解度、表面疏水性、电性质等,进而预测蛋白质和其他生物分子的结合能力、互作效率等特性。在药物设计中,这种研究方法非常重要。比如,利用分子动力学模拟手段可以预测药物分子和蛋白质之间的互作模式,进而...
吉林大学生命科学学院韩葳葳教授、美国密苏里大学电气工程和计算机科学系许东教授科研团队提出一种高效、可操作性强的分子动力学模拟分析方法(NRI-MD),该方法首次将深度学习的图神经网络(GNN)运用于分子动力学模拟分析,基于模拟轨迹的原子速度和位置数据,通过神经关系推理模型(NRI)直接推断出酶分子动力学模拟中残基的相互作...
6.7 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度 7 生物膜磷脂双分子层生物膜、膜蛋白等建模 7.1 磷脂分子结构、双分子层建模 7.2 模拟水通道(蛋白、多肽等) 7.3 插入溶剂分子 7.4 模拟系统达平衡 7.5 分析溶剂分子扩散速率 7.6 分子间的氢键的数目、距离或角度 8 蛋白质结合自由能计算(伞形采样法为例) 8.1...
分子对接完全没法体现蛋白整体的运动；此外，分子对接未考虑时间因素，只看是否结合，有可能结合上去马上就...
建议你先约束蛋白质和小分子，平衡体系中的水一段时间，再放开蛋白质除C-alpha以外的原子，，平衡一段...
分子动力学模拟 体育 研究 生理机制 蛋白分子动力学模拟是基于牛顿运动方程来研究体系结构随时间变化的计算机模拟方法。该方法可应用于物理、化学、生物学及其交叉学科领域的相关问题研究,能够描述蛋白质等生物大分子在溶液中的运动随时间最详实的变化情况,从原子水平上解释实验结果,预测新的结构和现象,为实验提供参考和启...
蛋白配体复合物 linux 结构生物学 分子模拟 GROMACS 必剪创作 我们都爱搞学习·第三期 【Linux】在Windows系统中安装Linux子系统 大大大大大可丶 39:15 GROMACS系列教程之一: 小分子过双层磷脂膜PMF的计算流程 Perfectaabb 5720 【PyMOL】开源版PyMOL安装教程 ...
接着总结了研究蛋白质和小分子相互作用的热力学和动力学的计算方法。对于热力学性质来说，主要有基于分子对接的打分函数和基于分子动力学模拟的自由能计算方法，如我们熟知的MM/PB(GB)和自由能微扰计算方法。而针对动力学性质的计算，目前比较成熟的有拉伸分子动力学模拟、自适应偏置力模拟以及meta动力学模拟等增强采样...
目前多肽药物设计的方法 在多肽药物设计中,有几种常见的计算方法,分子对接用于预测肽与靶蛋白的相互作用,类似于为钥匙寻找合适的锁,从而筛选出可能有效的肽药物。分子动力学模拟(MD)则帮助研究人员更深入地观察多肽在生物环境中的动态行为,比如与靶蛋白的结合过程和结构变化。虽然这些方法有效,但在使用时往往耗费大量的...