天玑算|分子动力学:基于计算机辅助设计提升d -葡萄糖异构酶的催化活性 天玑算-科研服务 217 0 Autodock 分子对接教程--02.分子对接操作教程 组学生信老胡 490 0 【麻省理工MIT】蛋白质折叠与疾病丨热休克蛋白的“守护使命” 生物医学大讲堂 721 1 天玑算-科研服务丨分子动力学(7):常见势能设置和使用详解:...
二、分子动力学模拟 分子动力学模拟是利用计算机模拟原子或分子在时间和空间上的运动轨迹,预测大分子的结构、构象转化和物理特性,以及模拟蛋白质与小分子互作的过程。 1.原理 分子动力学模拟将物理和化学规则应用于大分子,可以帮助我们预测大分子在不同环境下的性质。通过分子动力学模拟,我们可以研究大分子的结构、构象...
分子对接理论与实操讲解(二) 恒定PH分子动力学 恒定PH分子动力学(二) 对接和动力学选择蛋白质结构的注意事项 DS可视化理论讲解与安装 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟 结合自由能计算 对接后的分子动力学模拟-力场选择与结构处理 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟2(下) 膜蛋白体系的构建和分子动力学模拟2(上) ...
分子动力学模拟能够模拟蛋白质表面的性质及与其他生物分子的交互。通过模拟不同的物理条件和环境影响,可以研究蛋白质的溶解度、表面疏水性、电性质等,进而预测蛋白质和其他生物分子的结合能力、互作效率等特性。在药物设计中,这种研究方法非常重要。比如,利用分子动力学模拟手段可以预测药物分子和蛋白质之间的互作模式,进而...
许东教授、韩葳葳教授团队通过深入合作,将最前沿的深度学习的方法NRI运用于生物大分子动力学模拟轨迹的分析中,根据已有的模拟轨迹数据,NRI-MD可以显示出隐藏的离散图结构,以图结构作为引导输出重构轨迹,全程以无监督的方式最小化重构轨迹和输入轨迹之间的重构误差,抽象了在构象转变中潜在的关系结构,有潜力展示出与功能...
4.6 分子结构分析:hbond,order,principal,spol等 4.7 静电作用分析:dielectric,dipoles,potential 5 水溶性蛋白质和配体作用分子动力学模拟 5.1配体分子的处理 5.2 蛋白结构的处理 5.3 修改蛋白坐标文件 5.4 修改拓扑文件 5.5 构建盒子并放入溶剂 5.6 平衡系统电荷 ...
建议你先约束蛋白质和小分子，平衡体系中的水一段时间，再放开蛋白质除C-alpha以外的原子，，平衡一段...
接着总结了研究蛋白质和小分子相互作用的热力学和动力学的计算方法。对于热力学性质来说，主要有基于分子对接的打分函数和基于分子动力学模拟的自由能计算方法，如我们熟知的MM/PB(GB)和自由能微扰计算方法。而针对动力学性质的计算，目前比较成熟的有拉伸分子动力学模拟、自适应偏置力模拟以及meta动力学模拟等增强采样...
分子对接完全没法体现蛋白整体的运动；此外，分子对接未考虑时间因素，只看是否结合，有可能结合上去马上就...
分子之间的结合动力学(解离速率常数k off 和滞留时间)与药物小分子的药效和 毒性等药代动力学性质密切相关,所以在以靶蛋白和药物小分子的热力学性质为 依据进行药物设计时应同时考虑它们的结合动力学性质。基于蛋白质和小分子热 力学和动力学的计算方法和预测热力学和动力学的重要性,本论文的研究内容主 ...