那么,什么是火山图(Volcano Plot)。正如名称所描述,火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因,常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中,并且通常伴随热图一起出现。 火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例,一张完美的火山图,通常由几个...
火山图(Volcano plot)是散点图的一种,我们先把它简单分解一下,横坐标为logFC,纵坐标为-log10(adj P value),三条虚线将其分成了六部分。 在理解每一部分代表什么意思之前,我们需要先解决几个问题: 1.什么是-log10(adj P value):我们都知道P value是用来衡量检验得到的结果是否具有统计学差异,常用P-value<...
此处需要点击选择比较组来显示火山图，PS：因为火山图耗的耗费的内存比较大，所以默认不显示。左侧为所有的差异基因信息，右边为火山图。也可以选择阈值参数，作者限定的是logFC值，PS：这个工具有一个缺点就是不能定义logFC值，只能定差异倍数，我们一般分析都认为若差异倍数为两倍则显著上调或显著下调。但是在此数据...
本次没有基因表达符合下调阈值,上调基因(Up Regulated)有767个,可使用右侧文本工具火山图中标注: 3韦恩图的绘制 韦恩图是用于显示元素集合重叠区域的图示。绘制过程也需要在APP store处下载APP,下载链接为:https://www.originlab.com/fileExchange/details.aspx?fid=425,下载完成后使用与Volcano plot相同的方法安装Ve...
壁纸| 送你几张火山图 具有毁灭性的火山, 其壮丽是一种矛盾的凄美
1. 常规阈值火山图绘制 ##筛选阈值确定:p<0.05,|log2FC|>1 pvalue= 0.05 log2FC= 1 #根据阈值添加上下调分组标签: df$group <- case_when( df$log2FoldChange > log2FC & df$pvalue < pvalue ~"up", df$log2FoldChange < -log2FC & df$pvalue < pvalue ~"down", ...
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进行差异分析结果展示,火山图(Volcano plot)是非常常用的图形。常规的转录组、蛋白组,以及单细胞转录组、空间转录组等组间差异分析常能看到火山图的身影。 绘制火山图的方法非常多,我们在之前的推文中也有分享过使用R语言中的ggplot2包、EnhancedVolcano包,Origin等绘制高颜值火山图。
在火山图中，纵坐标的解读是：当P值等于05时，其负对数（即-log10（P值））大约为3。纵坐标上的数值越大，表示基因或蛋白质在两组间的差异越显著。换句话说，P值越小，差异就越大。而横坐标代表的是Fold Change，也就是差异倍数。若FC=2，则其以2为底的对数（即log2（FC））约为26。横坐标上的数值...