另外需要用到的一个包围ggthemes,这个包整合了很多ggplot2的绘图主题,对科研人员十分友好。 在包安装完成之后,我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 在R中查看文件前6行。 这7列文件之前已经介绍过,我们画火山图,只需要其中的logFC和adj.P.v...
能够做火山图的方法有很多,有一些RNA-seq分析的包中自带了画火山图的函数。利用R自带的基础画图函数也可以画,但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图,所以只展示如何用ggplot2包画图。 代码语言:javascript 复制 #加载包library(ggplot2)#读取数据 Dat<-read.table('./results.txt',header=T,stringsAsFactors...
R实用绘图系列主要是带领大家绘制一些实用、好看而又不太复杂的科研常用图形,主打一个实用,该系列会持续更新,有需要的小伙伴赶紧关注起来吧。 预备知识 火山图由散点图和阈值线构成,它通常用于展现统计检验的显著性(如:p value)和变化幅度(如:差异倍数),能够帮助我们快速直观地识别出那些变化幅度较大且具有统计学意...
# 加载R包,没有安装请先安装 install.packages("包名") library(ggplot2) library(ggrepel) #用于标记的包 # 读取火山图数据文件 data = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Volcano/Volcano.txt",# 这里读取了网络上的demo数据,将此处换成你自己电脑里的文件 header = ...
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 02 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
我们使用R语言中的ggplot2包来绘制火山图。首先加载R包及示例数据。 library('ggplot2') head(temp1,10) -log10FDR logFC Regulate 64170 1.971938 -2.2884388 Down 6674 1.864104 -1.2460804 Down 7401 1.864104 1.2950939 Up 57217 1.864104 -1.2676311 Down ...
R语言绘图:火山图(2) 什么是火山图? 火山图是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度FC相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因等)。常应用于转录组,基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 0 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
library(ggplot2)#读取数据Dat<- read.table('D:/science software/R/data/RNAdata.txt',header = T,sep='\t')#确定是上调还是下调,用于给图中点上色,并设置图例显示的名称Dat$threshold = factor(ifelse(Dat$padj <0.05&abs(Dat$log2FoldChange) >=1, ifelse(...
本期介绍利用R语言筛选差异表达基因及绘制火山图。 一、什么是火山图? 火山图(volcano plot)是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p-value、FDR)和变化幅度相结合,从而可以快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因、代谢物、微生物等)。是一种单变量统计分析方法,常应用于转录...