能够做火山图的方法有很多,有一些RNA-seq分析的包中自带了画火山图的函数。利用R自带的基础画图函数也可以画,但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图,所以只展示如何用ggplot2包画图。 代码语言:javascript 复制 #加载包library(ggplot2)#读取数据 Dat<-read.table('./results.txt',header=T,stringsAsFactors...
R实用绘图系列主要是带领大家绘制一些实用、好看而又不太复杂的科研常用图形,主打一个实用,该系列会持续更新,有需要的小伙伴赶紧关注起来吧。 预备知识 火山图由散点图和阈值线构成,它通常用于展现统计检验的显著性(如:p value)和变化幅度(如:差异倍数),能够帮助我们快速直观地识别出那些变化幅度较大且具有统计学意...
另外需要用到的一个包围ggthemes,这个包整合了很多ggplot2的绘图主题,对科研人员十分友好。 在包安装完成之后,我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 在R中查看文件前6行。 这7列文件之前已经介绍过,我们画火山图,只需要其中的logFC和adj.P.v...
绘制火山图 接下来,我们将使用ggplot2包和ggrepel包来绘制火山图,并使用RColorBrewer来获取颜色。 library(ggplot2) library(ggrepel) library(RColorBrewer) # 基础火山图 p<-ggplot(data,aes(x=log2FoldChange,y=log10p))+ geom_point(aes(color=status,size=abs(log2FoldChange)),alpha=0.7)+ scale_col...
plot.margin = margin(t=10,r=10,b=5,l=5,unit = "mm"), # axis.ticks.y = element_blank(), axis.ticks.x = element_line(colour = "grey40",size = 0.5), axis.line = element_line(colour = "grey40",size = 0.5), axis.text.x = element_text(size = 10), ...
如何用R语言绘制火山图?10分钟带你快速复现!科研百味 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 5941 0 06:18 App R语言调用deepseek的API 730 0 11:28 App 52(附代码)火山图标记GOKEGG通路基因,一键出图-带你零基础学生信~ 788 0 15:24 App 第18课 KEGG通路绘制 383 1 44:00 App 45分钟...
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 02 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 0 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
library(ggplot2)#读取数据Dat<- read.table('D:/science software/R/data/RNAdata.txt',header = T,sep='\t')#确定是上调还是下调,用于给图中点上色,并设置图例显示的名称Dat$threshold = factor(ifelse(Dat$padj <0.05&abs(Dat$log2FoldChange) >=1, ifelse(...
R语言火山图需要什么数据 r语言火山图脚本 这里介绍火山图的绘制,火山图常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中,并且通常伴随热图一起出现,文章中也很常见。 一.数据处理 如果你想获取该数据用于自己练习,下面是获取数据的地址: https://docs.qq.com/sheet/DV3ZwZWl5UURjUGJi...