Error in grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto), : Viewport has zerodimension(s)如果运行绘图代码后出现这个报错,一般是由于绘图区域太小了,调大绘图区域重新运行代码就可以啦。 初学R绘图的小伙伴可以自己尝试绘制一下火山图,火山图的代码其实并不难,但是它需要用到的ggplot2的...
mytheme <- theme(panel.background = element_rect(fill = NA), plot.margin = margin(t=10,r=10,b=5,l=5,unit = "mm"), # axis.ticks.y = element_blank(), axis.ticks.x = element_line(colour = "grey40",size = 0.5), axis.line = element_line(colour = "grey40",size = 0.5), ...
能够做火山图的方法有很多,有一些RNA-seq分析的包中自带了画火山图的函数。利用R自带的基础画图函数也可以画,但是鉴于之后我们都几乎都选择ggplot2包进行作图,所以只展示如何用ggplot2包画图。 代码语言:javascript 复制 #加载包library(ggplot2)#读取数据 Dat<-read.table('./results.txt',header=T,stringsAsFactors...
如何用R语言绘制火山图?10分钟带你快速复现!科研百味 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多2.6万 70 2:05 App 【男女慎入】为什么人类对乳房会集体痴迷?(4) | 第93期 451 -- 9:11 App R绘制好看的物种堆积柱状图 1513 -- 31:42 App [Precision Oncology] 中科院1区SCI复现 第一周 文献...
在R中查看文件前6行。 这7列文件之前已经介绍过,我们画火山图,只需要其中的logFC和adj.P.val就可以了。在绘图之前,我们需要对adj.P.val进行转换,将它的值变成-1 * log10,这样的话可以拉开差异表达基因之间的间距。 接下来就是绘制火山图了~ 代码如下: ...
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 02 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
注意:由于在R中会自动将“-”替换为“.”,所以下方的提取也采用了P.value。data$P.value <- -log10(data$P.value[]) 图1:数据格式 0 设置阈值 在这里我们设置想要的阈值,并制定规则,然后根据这些规则给样品分类,并将分类添加在数据框最后一列,以便后面画图的时候根据分类给样品点上不同颜色。
R语言绘图宝藏网站,最后给大家整理了R语言绘图代码,分享给大家,允许白嫖 生信学不会1 42 0 北京大学整理出的生信R语言绘图代码可白嫖,这些代码是我当初做生信分析时用过的R语言代码,现在上岸用不到了,分享给大家,允许白嫖 生信学不会1 26 0 25年软考最新通知来了!!!难怪说25年将是软考最简单的一年,这...
我们使用R语言中的ggplot2包来绘制火山图。首先加载R包及示例数据。 library('ggplot2') head(temp1,10) -log10FDR logFC Regulate 64170 1.971938 -2.2884388 Down 6674 1.864104 -1.2460804 Down 7401 1.864104 1.2950939 Up 57217 1.864104 -1.2676311 Down ...
本期介绍利用R语言筛选差异表达基因及绘制火山图。 一、什么是火山图? 火山图(volcano plot)是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p-value、FDR)和变化幅度相结合,从而可以快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因、代谢物、微生物等)。是一种单变量统计分析方法,常应用于转录...