那么,什么是火山图(Volcano Plot)。正如名称所描述,火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因,常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中,并且通常伴随热图一起出现。 火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例,一张完美的火山图,通常由几个...
此处需要点击选择比较组来显示火山图，PS：因为火山图耗的耗费的内存比较大，所以默认不显示。左侧为所有的差异基因信息，右边为火山图。也可以选择阈值参数，作者限定的是logFC值，PS：这个工具有一个缺点就是不能定义logFC值，只能定差异倍数，我们一般分析都认为若差异倍数为两倍则显著上调或显著下调。但是在此数据...
火山图是文献中常见的图表,用于展示差异表达基因的显著性和差异倍数。以下是解读火山图的关键点: 坐标轴解释📊 横轴:表示差异倍数(Fold Change),以log2为单位。点越偏离中心,表示差异倍数越大。 纵轴:显示显著性,以-log10(adjusted p-value)为单位。点越靠图顶部,表示差异越显著。 点的颜色🎨 图中每个点代...
火山图(Volcano plot)是散点图的一种,我们先把它简单分解一下,横坐标为logFC,纵坐标为-log10(adj P value),三条虚线将其分成了六部分。 在理解每一部分代表什么意思之前,我们需要先解决几个问题: 1.什么是-log10(adj P value):我们都知道P value是用来衡量检验得到的结果是否具有统计学差异,常用P-value<...
火山图(Volcanoplot)是经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型,常与热图、韦恩图(Venndiagram)等同时出现。火山图包含2个重要概念:显著性与差异表达倍数。 显著性一般设置P<0.05,差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。下图P<0.05,FoldChange设置为1.2倍...
1. 常规阈值火山图绘制 ##筛选阈值确定:p<0.05,|log2FC|>1 pvalue= 0.05 log2FC= 1 #根据阈值添加上下调分组标签: df$group <- case_when( df$log2FoldChange > log2FC & df$pvalue < pvalue ~"up", df$log2FoldChange < -log2FC & df$pvalue < pvalue ~"down", ...
识图大揭秘:一文带你解读火山图。有多少人在看文献时被五花八门的图给整懵,看不懂的?可以进来了! 图图学姐又开新坑了,每期带大家学会解读一个图,看文献中的图无压力!本期学姐带来的是火山图🔥📊,刚开始很多人以为火山图就是一堆散点➕几根线➕ - 临床鹿clin
进行差异分析结果展示,火山图(Volcano plot)是非常常用的图形。常规的转录组、蛋白组,以及单细胞转录组、空间转录组等组间差异分析常能看到火山图的身影。 绘制火山图的方法非常多,我们在之前的推文中也有分享过使用R语言中的ggplot2包、EnhancedVolcano包,Origin等绘制高颜值火山图。
火山图 🌋 火山图,顾名思义,长得有点像喷发的火山。它是散点图的一种,主要用于展示基因表达差异分析的结果。简单来说,它能帮助你快速找到那些在组间有显著表达差异的基因。无论是在转录组、基因组、蛋白组还是代谢组学研究中,火山图都是个得力助手。