那么,什么是火山图(Volcano Plot)。正如名称所描述,火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因,常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中,并且通常伴随热图一起出现。 火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例,一张完美的火山图,通常由几个...
火山图(Volcano plot)是散点图的一种,我们先把它简单分解一下,横坐标为logFC,纵坐标为-log10(adj P value),三条虚线将其分成了六部分。 在理解每一部分代表什么意思之前,我们需要先解决几个问题: 1.什么是-log10(adj P value):我们都知道P value是用来衡量检验得到的结果是否具有统计学差异,常用P-value<...
此处需要点击选择比较组来显示火山图，PS：因为火山图耗的耗费的内存比较大，所以默认不显示。左侧为所有的差异基因信息，右边为火山图。也可以选择阈值参数，作者限定的是logFC值，PS：这个工具有一个缺点就是不能定义logFC值，只能定差异倍数，我们一般分析都认为若差异倍数为两倍则显著上调或显著下调。但是在此数据...
火山图是文献中常见的图表,用于展示差异表达基因的显著性和差异倍数。以下是解读火山图的关键点: 坐标轴解释📊 横轴:表示差异倍数(Fold Change),以log2为单位。点越偏离中心,表示差异倍数越大。 纵轴:显示显著性,以-log10(adjusted p-value)为单位。点越靠图顶部,表示差异越显著。 点的颜色🎨 图中每个点代...
火山图(Volcanoplot)是经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型,常与热图、韦恩图(Venndiagram)等同时出现。火山图包含2个重要概念:显著性与差异表达倍数。 显著性一般设置P<0.05,差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。下图P<0.05,FoldChange设置为1.2倍...
简单来说火山图的本质就是一张散点图，被用来展示显著差异表达的基因，故而我们需要两个数据：一个是 p 值，即显著性；另一个是 FC 值（Fold Change），即差异表达倍数。同时，我们在解读一张火山图时应该如何看懂？我们可以通过观察他的横纵坐标log2（Fold Change）和-log10（p-value）；火山图选用的作图...
在火山图中，纵坐标的解读是：当P值等于05时，其负对数（即-log10（P值））大约为3。纵坐标上的数值越大，表示基因或蛋白质在两组间的差异越显著。换句话说，P值越小，差异就越大。而横坐标代表的是Fold Change，也就是差异倍数。若FC=2，则其以2为底的对数（即log2（FC））约为26。横坐标上的数值...
火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,因为在生物体发生变化时从全局角度而言大部分的基因表达没有或着发生了很小程度的变化,只有少部分基因的表达发生了显著的变化。故而,火山图常见于RNA表达谱和芯片的数据分析中,最常用于分析基因的差异表达,近年来也陆续有其他组学的应用,此处不做详述。
火山图在生物统计学中非常实用。它帮助研究人员在基因表达数据中轻松识别哪些基因的变化非常显著,哪些则不太明显。这种图形将每个基因的变化倍数和统计显著性结合在一起,使得数据一目了然。🌋 研究人员通常会在基因组学和蛋白质组学等领域使用火山图。这有助于他们迅速发现在特定条件下哪些基因受到了显著的调控,从而...