那么,什么是火山图(Volcano Plot)。正如名称所描述,火山图的图形非常像火山喷发的形状。火山图通常用来展示差异表达的基因,常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中,并且通常伴随热图一起出现。 火山图是散点图的一种展现形式。以实验组和对照组转录组数据为例,一张完美的火山图,通常由几个...
火山图(Volcano plot)是散点图的一种,我们先把它简单分解一下,横坐标为logFC,纵坐标为-log10(adj P value),三条虚线将其分成了六部分。 在理解每一部分代表什么意思之前,我们需要先解决几个问题: 1.什么是-log10(adj P value):我们都知道P value是用来衡量检验得到的结果是否具有统计学差异,常用P-value<...
此处需要点击选择比较组来显示火山图，PS：因为火山图耗的耗费的内存比较大，所以默认不显示。左侧为所有的差异基因信息，右边为火山图。也可以选择阈值参数，作者限定的是logFC值，PS：这个工具有一个缺点就是不能定义logFC值，只能定差异倍数，我们一般分析都认为若差异倍数为两倍则显著上调或显著下调。但是在此数据...
在火山图中,横轴通常表示差异的度量,如基因表达量的fold change(通常为平均表达量比值),纵轴表示差异的显著性,如统计学上的显著性指标,例如FDR(False Discovery Rate)或p值的对数。 总结来说,火山图是一种常用的数据可视化方法,通过直观地展示差异性和显著性,帮助研究人员筛选出最相关的特征,并为后续的生物学分析...
1. 常规阈值火山图绘制 ##筛选阈值确定:p<0.05,|log2FC|>1 pvalue= 0.05 log2FC= 1 #根据阈值添加上下调分组标签: df$group <- case_when( df$log2FoldChange > log2FC & df$pvalue < pvalue ~"up", df$log2FoldChange < -log2FC & df$pvalue < pvalue ~"down", ...
识图大揭秘:一文带你解读火山图。有多少人在看文献时被五花八门的图给整懵,看不懂的?可以进来了! 图图学姐又开新坑了,每期带大家学会解读一个图,看文献中的图无压力!本期学姐带来的是火山图🔥📊,刚开始很多人以为火山图就是一堆散点➕几根线➕ - 临床鹿clin
火山图 🌋 火山图,顾名思义,长得有点像喷发的火山。它是散点图的一种,主要用于展示基因表达差异分析的结果。简单来说,它能帮助你快速找到那些在组间有显著表达差异的基因。无论是在转录组、基因组、蛋白组还是代谢组学研究中,火山图都是个得力助手。
火山图(Volcano Plot)是一种常用于生物学、医学和基因组学等领域的数据可视化方法,特别是在差异表达分析中。它通过横坐标和纵坐标来展示每个基因的变化情况,使我们可以一眼看出哪些基因的变化最为显著。 1、整理数据(有数据就用自己的,这里我们生成一个数据) ...
进行差异分析结果展示,火山图(Volcano plot)是非常常用的图形。常规的转录组、蛋白组,以及单细胞转录组、空间转录组等组间差异分析常能看到火山图的身影。 绘制火山图的方法非常多,我们在之前的推文中也有分享过使用R语言中的ggplot2包、EnhancedVolcano包,Origin等绘制高颜值火山图。