代谢组学火山图是在常规火山图的基础上,以点的大小表示PLSDA或者OPLSD模型的VIP值。以展示实验组 vs 对照组的差异代谢物。 Journal of Translational Medicine文章《Metabolomics combined with network pharmacology reveals a role for astragaloside IV in inhibi
1,常规火山图 在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物...
导读:《Frontiers in Immunology》单细胞测序文章“Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer”Fig1B的火山图展示了8种不同细胞类型中top5差异表达marker基因。 图中共8个小矩形,每个小矩形表示一种细胞类型。矩形中X轴表示细胞类型间...
火山图(volcano Plot)火山图(Volcano Plot)形似火山喷发,是一种表示特征差异表达的散点图,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具…
导读:火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调,显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色,可以创建双色或四色火山图,从而更直观地突出感兴趣的数据点。 《Nature Communication》文章“Molecular and functional landscape of malignant serous effusions for precision oncology”fig 4C的双色火山图中,点的颜色...
火山图可以展示cancer vs normal的差异结果。如果还有一组model组,那么该如何展示呢?使用双火山图,实现了将cancer、normal、model三个实验条件绘制在一张图上,同时展示cancer vs normal, model vs cancer共有且具有相同差异表达趋势(上调、上调),或者相反差异表达趋势(上调、下调)的感兴趣基因。
在线直接绘制倾斜45度的“火山图”,缘起头条,在线操作下,也很方便暂无Marginalplot,后续增加此功能。访问链接:http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/
解读：火山图中的每个点代表一个变量，横轴通常表示变化幅度，纵轴表示统计显著性。图例中的颜色、大小和形状等可以进一步表示变量的其他属性，如基因的表达水平、上调或下调等。绘制：利用在线工具可以方便地绘制火山图，这些工具提供了友好的界面和强大的功能，使得即使是复杂的数据也能快速、准确地呈现出来...
火山图可以展示cancer vs normal的差异结果。如果还有一组model组,那么该如何展示呢?使用双火山图,实现了将cancer、normal、model三个实验条件绘制在一张图上,同时展示cancer vs normal, model vs cancer共有且具有相同差异表达趋势(上调、上调),或者相反差异表达趋势(上调、下调)的感兴趣基因。
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