火山图是散点图的一种,它将统计测试中的统计显著性量度(如p value)和变化幅度相结合,从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点(基因等)。常应用于转录组研究,也能应用于基因组,蛋白质组,代谢组等统计数据。 所以关注火山图(其它类型图也是),先理解每个点是什么(点代表基因、样品、通...
③登录后在工具一栏(全部分析)里找到火山图,点击进入; ④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作,即可在2分钟内获得一张精美的火山图~step 01 上传数据 ※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理,但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据,以便机器...
若上调、下调、不显著设置为同一种颜色,则最终绘制双色火山图。若设置4种颜色均不同,则最终绘制四色火山图。 颜色代表的类别名:分别对应4种颜色。感兴趣点的名字,上调点的名字,下调点的名字和不显著点的名字。若绘制双色火山图,则仅前两个名字起作用;若绘制四色火山图,4个框的名字都需要填写。 点大小:设置了...
代谢组学火山图是在常规火山图的基础上,以点的大小表示PLSDA或者OPLSD模型的VIP值。以展示实验组 vs 对照组的差异代谢物。 Journal of Translational Medicine文章《Metabolomics combined with network pharmacology reveals a role for astragaloside IV in inhibiting enterovirus 71 replication via PI3K-AKT signaling》...
火山图可以展示cancer vs normal的差异结果。如果还有一组model组,那么该如何展示呢?使用双火山图,实现了将cancer、normal、model三个实验条件绘制在一张图上,同时展示cancer vs normal, model vs cancer共有且具有相同差异表达趋势(上调、上调),或者相反差异表达趋势(上调、下调)的感兴趣基因。
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在线直接绘制倾斜45度的“火山图”,缘起头条,在线操作下,也很方便暂无Marginalplot,后续增加此功能。访问链接:http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/
视觉效果直观且信息量大。为了增强火山图，可以添加变量名和更严格的统计分析结果，如log2FC和p值校正，如上图所示，其中红色点代表满足多重条件的变量。想要轻松绘制火山图，可以利用在线工具，如imageGP(ehbio.com/ImageGP/)，这提供了方便的界面和功能，使得即使是复杂的数据也可以快速呈现出来。
P11 高颜值免费在线生信绘图-基本火山图绘制2 #生信绘图 #科研绘图 #免费 #高颜值 - 用户4345576761270于20240305发布在抖音,已经收获了405个喜欢,来抖音,记录美好生活!