ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 请问转座酶Tn5对DNA序列有选择性吗?我想应该是没有,不然这个方法就只对特定的序列敏感了。 ATAC-seq能...
ATAC-seq，全称为Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，是一种利用转座酶研究染色质可进入性的高效测序技术，旨在揭示染色质开放区域的结构和功能。染色体由DNA和组蛋白组成，通过复杂的折叠机制压缩至细胞核内。开放染色质是指DNA在表达基因时，其结构允许转录因子等调控...
ATAC-seq通过标记转座酶Tn5插入开放染色质，通过PCR测序确定开放区域，结果与传统方法和ChIP-seq有良好一致性，主要检测启动子、增强子和调控因子结合位点。ATAC-seq具有高重复性、操作简便、样本需求量少、信号清晰等优点，已成为研究染色质开放性的重要工具。相比MNase-seq和DNase-seq，ATAC-seq成为了研究领...
染色质分为常染色质和异染色质,而常染色质处于松散的开放状态,允许反式作用因子结合顺式调控元件,进而调控基因表达。 ATAC-seq利用Tn5酶切割并捕获染色质开放区域,结合高通量测序和生信分析,可以系统研究全基因组范围内染色质开放区域, 是表观调控研究的新方向。
通过ATAC-seq 技术我们可以获得在该特定时空下细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列,真核细胞通过将基因组 DNA 与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提。结合 ATAC-seq 技术与 RNA-seq ...
通过ATAC-seq 技术我们可以获得在该特定时空下细胞基因组中所有的处于松散状态的核酸序列,真核细胞通过将基因组 DNA 与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质,这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提。结合 ATAC-seq 技术与 RNA-seq ...
首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因子在调控肿瘤细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性肿瘤和转移性肿瘤内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域...
近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)张治华研究组以“DeNOPA: decoding nucleosome positions sensitively with sparse ATAC-seq data”为题在国际生物信息学领域核心期刊Briefings in Bioinformatics上报告了一种基于低测序深度ATAC-seq文库的核小体排布和染色质开放性检测技——deNOPA。不同于现有算法根据...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解这项技术的作用,首先需要认识染色体的结构。 真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之相结合的。DNA一圈一圈地缠绕在组蛋白上,形成串珠式的结构。每一...