Chang实验室开发的ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing),一种捕获染色质可及性(染色质开放性)的测序方法。 1. 原理 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 转座酶会携带特定的已知序列,然后将这些序列插入到开放的染色质区域中,...
2018年,研究人员通过对23种人类癌症类型的410个肿瘤样本分别进行了ATAC-seq并获取到高质量的测序数据,通过信息学分析鉴定到562,709个基因组调控元件,其中约有三分之二与过去发现的调控元件位置一致,表明ATAC-seq技术不仅能很好的复现以往的研究发现,同时还能发现大量新的染色质可及性敏感位点。进一步比较分析所有肿瘤样...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解ATAC-seq技术的原理与应用,首先我们需要认识染色体/质的结构。 一、染色质(chromatin) 与原核生物裸露DNA不同,真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之...
ATAC-seq染色质可及性测序 技术简介 样本要求与建议 分析与结果 客户发表文献 常见问题 真核生物的染色质通常情况下以核小体为单位进行致密的折叠,不表现出转录活性,同时部分开放的染色质区域作为特异性反式作用因子(如转录因子,酶等)和顺式作用元件(如Enhancer,Insulator等)与基因组DNA相互作用的活跃区域。这种由染...
结果解释:(图A)不同 T 细胞亚群中Tox2基因座的全基因组组蛋白修饰,发现它在 Tfh 细胞中被活性染色质H3K4me3 标记,同时该位点没有被抑制性染色质H3K27me3标记;(图B)ATAC-seq 分析得出与幼稚 CD4+T细胞相比, Tox2基因座在Tfh中显示出染色质可及性增加(即染色质开放程度增大);(图C)qRT-PCR测序:Tox2 mRNA...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing),即利用Tn5转座酶,切割DNA的时候同时加入接头,再PCR扩增即可测序。 相比于ChIP-seq,ATAC-seq实验一次就可以获得某个特定时空条件下所有的开放染色质区域。而相比于DNase-seq、MNase-seq和FAIRE-seq,ATAC-seq单细胞样品需求量...
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新技术,它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针,切割DNA序列来定位染色质可及性的方法。 DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下,从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象。DNA转座子要求插入位点的染色质是开放的,对于ATAC-seq而言,同时需要将携带已知DNA序列...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
ArchR是一个分析单细胞ATAC-seq数据的R包,功能很强大,但目前还处于测试阶段。ArchR是一个分析工具套件,整合了几乎所有可用软件中scATAC-seq的分析功能。ArchR提供一个直观的、更加复杂的单细胞分析流程,包括doublet 过滤,分群聚类和细胞类型识别...