针对本GTF,对于transcript元件,基因名字 (Gene symbol)在第18列。 代码语言:javascript 复制 sed-n'2p'GRCh38.gtf|sed's/"/\t/g'|tr'\t''\n'|sed=|sed'N;s/\n/\t/'1chr202havana3transcript4872505970946.7+8.9gene_id10ENSG0000017859111;gene_version12613;transcript_id14ENST0000060883815;transcript_...
第三步,点击左边的GenBank,把格式改成FASTA,大功告成。 想要提取反义链怎么办?只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View。
基因组序列是将一个生物体的所有基因按照一定的顺序排列并标注序号,形成的一个基因序列,记录了生物的遗传信息。为了研究生物的遗传信息,科学家们需要对基因组进行提取和分析,以便深入研究生物的遗传规律,从而对生物进行改良和创新。 2. 基因组序列的提取方法 基因序列提取的方法通常是通过测序技术将DNA序列逐一测出,...
3.提取基因组中的一段序列 比如我只想提取一号染色体上的10000-50000这一段序列。 首先建立索引。 samtools faidx IRGSP-1.0_genome.fasta 然后根据染色体信息和物理位置直接提取。这里注意,如何要和目的4连用的话,要修改>后面的值与gff文件一致才可以。
【实验】用16SrDNA序列鉴定细菌的原理及操作方法,细菌基因组DNA提取操作, 视频播放量 2516、弹幕量 0、点赞数 96、投硬币枚数 27、收藏人数 223、转发人数 23, 视频作者 植物百科, 作者简介 一个实验型up,偶尔猎奇。,相关视频:【实验】qPCR原理,实时荧光定量PCR ,SYBR
T2T基因组是指有一条或者多条染色体达到端粒到端粒(Telomere-to-Telomere)水平的基因组,T2T基因组完成图是基因组组装的终极目标。ONT超长序列(N50大于100Kb)可实现T2T基因组的组装,结合HiFi和二代数据,能够得到高质量的T2T基因组。 人类及多个物种的...
示例脚本(提取码 cb10):https://pan.baidu.com/s/1ph6ANgyzCO17JpNLetuDjA 说明 在基因组分析中,我们经常会有这么一个需求,就是在一个fasta文件中提取一些序列出来。有时这些序列是一段完整的序列,而有时仅仅为原fasta文件中某段序列的一部分。特别是当数据量很多时,使用肉眼去挑选序列会很吃力,那么这时我们...
使用gffread 提取基因组序列信息 需求:提取 1 号染色体的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 区间的 fa 序列; 需要准备的test.gff3文件如下所示,第一列是染色体号,第二列和第三列的内容随意,第四列和第五列是提取的开始位置和终止位置,第六列和第八列内容随意,第七列是基因组的正负链,第九列序列的信息...
今天我再给大家演示一个利用NCBI数据库进行基因组特定序列提取的方法,希望对您的科研学习有所帮助。 我们以水稻(日本晴)1号染色体正义链1234-4321位置序列为例进行介绍。 1. 打开NCBI,类目选择Nucleotide,检索框输入日本晴拉丁名及染色体号(Oryza sativa Japonica chromosome1 ),点search检索到日本晴1号染色体序列,如...
但是思路还是基本一致的。工具：samtools,bedtools,bedops，都可以通过conda一键安装。序列文件：基因组文件fasta，注释文件gff。2.1 提取gff文件的所有基因位置,并转换成bed格式 2.2 计算染色体长度 2.3 创建包含promoter位置的bed文件 2.4 根据promoter的位置信息，在基因组序列中抓取promoter的序列 ...