针对本GTF,对于transcript元件,基因名字 (Gene symbol)在第18列。 代码语言:javascript 复制 sed-n'2p'GRCh38.gtf|sed's/"/\t/g'|tr'\t''\n'|sed=|sed'N;s/\n/\t/'1chr202havana3transcript4872505970946.7+8.9gene_id10ENSG0000017859111;gene_version12613;transcript_id14ENST0000060883815;transcript_...
3.提取基因组中的一段序列 比如我只想提取一号染色体上的10000-50000这一段序列。 首先建立索引。 samtools faidx IRGSP-1.0_genome.fasta 然后根据染色体信息和物理位置直接提取。这里注意,如何要和目的4连用的话,要修改>后面的值与gff文件一致才可以。
然后提取序列。这里用到了bedtools工具,官方有提供编译好的二进制文件,下载下来即可使用。 -name: 输出基因名字(bed文件的第四列) -s: 考虑到正反链(对于启动子区域,是否考虑链的信息关系不太大) bedtools getfasta -name -s -fi GRCh38.fa -bed GRCh38.promoter.bed >GRCh38.promoter.fa 5.提取基因序列 ...
通过给出基因名称从参考基因组中提取序列 rescue.py 和 seq_extract_rescue.py 一起从宇宙文件中拯救缺失的基因。 seq_extract.py 只需要文件名作为输入。 ##seq_extract_rescue.py #先决条件文件: GTF文件(基因转换格式) 人类参考基因 宇宙基因列表或基因名称列表 #先决条件系统: pybedtools 皮萨姆 Python 2.7 ...
提取barcode序列的过程，类似于从基因组中“钓鱼”，可以直接通过GenBank的accession ID下载序列。研究者通常使用特定的脚本，如`blastn_extract_marker_from_genome.py`，来从基因组中提取这些序列。此脚本的输出对于后续的比较基因组学研究至关重要。在实践中，发现基因组分类的准确性可能并不理想，有近...
根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果...
从宏基因组中提取核糖体DNA序列,进行扩增子分析。扩增子数据的分析我们已经熟悉的非常熟悉了,只是从宏基因组中得到,这个过程不够熟悉。其次你以为直接提取出来的序列,直接上vseearch就可以了吗?答案是不行的。 我们细细想来就知道了,宏...
2]" or die;while (<FA>){ chomp; next if(/^$/);#空行 my ($chr,$seq)=split/\n+/,$_,2; $seq=~s/\s+//g; $seq=uc($seq); while($seq=~m/$ARGV[1]/){ print "$chr\t",pos($seq),"\n"; }}close FA;close OUT;
你再下载这个基因家族 2.0的镜像，之前的镜像没有更新这个命令；
从fasta基因组中提取反向互补序列 bedtools 从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件 -bed 基因位置 共6列:【染色... 从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。