提取序列同上。
根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果...
这不是很简单的问题吗？如果你能回答上面的问题的话
下图中共有146个kp细菌的全基因组序列,kp有个基因叫rpoB,我如何把146个全基因组序列中的所有rpoB基因序列提取出来?使用什么工具?Wind…显示全部 关注者1 被浏览39 关注问题写回答 邀请回答 好问题 添加评论 分享 暂时还没有回答,开始写第一个回答下载知乎客户端 与世界分享知识、经验...
②我们来看看这个结论是如何得出的。首先,科学家要分别提取人类和香蕉基因组中的基因序列并进行分析,根据分析结果可以预测出这些基因合成的全部蛋白质的氨基酸序列。然后,把人类和香蕉的基因所对应的蛋白质进行对比,相似度会各有不同,但是只要两个基因的相似度高于预期,就会被认为相似并记录下来。这...
④壁画“变身”DNA,需要打破无机与有机的界限,如何才能实现这种“跨界”存储呢?这要从DNA存储的两个步骤——信息写入和信息读取说起。 ⑤先说信息写入。DNA含有A、T、C、G四种碱基,如果用数字中的0、1、2、3分别代表一种碱基,就能形成一个四进制碱基序列,然后通过编码转化,实现碱基四进制和...
提取基因启动子序列 首先确定启动子区域,这里定义转录起始位点上游1000 bp和下游500 bp为启动子区域。 代码语言:javascript 复制 sed's/"/\t/g'GRCh38.gtf|awk'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if($3=="gene") {if($7=="+") {start=$4-1000; end=$4+500;} else {if($7=="-") start=$5-500; end=...
假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf,也可从文后链接获取。 查看下文件内容和格式 基因组序列文件为FASTA格式,查看命令和内容如下(测试文件,只有1条染色体): # 查看前10行,每行查看前40个字符 # FASTA序列一般比较长,查看前面一部分字符是一个常用的方式 ...
假如我们已经拿到了基因组序列文件GRCh38.fa和基因注释文件GRCh38.gtf,也可从文后链接获取。 查看下文件内容和格式 基因组序列文件为FASTA格式,查看命令和内容如下(测试文件,只有1条染色体): # 查看前10行,每行查看前40个字符 # FASTA序列一般比较长,查看前面一部分字符是一个常用的方式 ...
提取基因启动子序列。首先确定启动子区域，定义转录起始位点上游1000bp和下游500bp为启动子区域。然后提取序列，这里用到了bedtools工具。提取基因序列。提取基因序列的操作类似于提取启动子序列，注意GFF文件的序列位置是从1开始，而bed文件的位置是从0开始。提取非编码RNA的序列。在GTF文件中筛选转录本类型...