1输入基因组序列 2设置输入序列 根据基因组GFF文件 这个基因的位置如下: chr7 EVM gene 81790460 81791328 . - . ID=Asa7G00205 所以设置如下,同时将上下游2000bp 提取出来 chr7 81788460 81793328 有的时候基因组并不是chr1 开始,如芦笋基因组是NC_033794.1 编号 就需要设置如下: NC_033794.1 81788460 81793328...
在进行基因组数据分析时,常常要用到基因组CDS和蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,用gffread提取时容易出问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 得到的cds文件如下: step2. 将cds序列转换为蛋白序列 得到的protein文件如下: 仅供自己方便查阅...
biopython 根据基因组提取序列 tbtools提取基因序列 本周四(11月4日)下午三点,Molecular Plant 和Plant Communications 联合启动MPlant在线讲座—2021前沿技术系列,邀请了华南农业大学的夏瑞教授和陈程杰老师在线讲解了生物信息学工具TBtools的开发历程、主要功能、新的插件等内容并进行了应用演示。本次讲座吸引了一千三百多人...
用tbtools从全基因组提出cds序列为什么是空白的 只看楼主收藏回复 hameceeeiiiood 初级粉丝 1 送TA礼物 1楼2023-05-14 07:49回复 登录百度帐号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示0...
你的文件下载的有问题吧，确定是标准的GFF文件；
格式和内容没错的话，ID和进化树的ID是对应的么。。。
基因功能注释需要蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,据师兄师弟说gffread提取结果有问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 图源:TBtools GUI 工具使用说明手册-20180905 得到的cds文件如下: ...