颜色表示该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组,颜色也可以和表格形式的的ClueGO结果对应)。 Cytoscape Cytoscape是一个开源软件平台,用于可视化分子相互作用网络和生物途径,并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成在一起。Cytoscape核心分布为数据集成、分析和可视化提供了一组基本特性。其他功能也可以作为插件使...
来看一下结果,上图最上面是可以导出基因列表,这里的基因已经被各种注释了,各种数据库里的注释,小云比较关注的小分子药物注释,注释来源于DrugBank数据库 这张柱状图是个比较综合的富集结果,其中条目较多的就是GO和KEGG了 这里可以看到各种数据库 上图是富集结果的表格,这个是和富集柱状图对应的 这个就是富集的网络图了...
这期推文的封面是一张富集分析的网络图,来自文献:Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations,算是比较新颖的富集展示方法,是用Cytoscape做的。 之前我介绍过一个网页工具,可以做富集结果的网络图,这篇推文的阅读量已经是我的小破公众号关注人数的两倍多,可以看出大...
https://github.com/reimandlab/DPM_publication_code 建议配合ActivePathways包的使用说明食用理解更佳,该说明页还给出了完成富集分析后cytoscape绘制富集网络图的对接流程和详细步骤: 链接: https://github.com/reimandlab/ActivePathways cytoscape网络图美化,如加背景不规则色块等可戳往期:《太辣了!做个网络图界的时...
使用cnet网络图展示富集结果中通路-gene间的所属关系。, 视频播放量 3997、弹幕量 0、点赞数 37、投硬币枚数 12、收藏人数 67、转发人数 5, 视频作者 微生信课堂, 作者简介 微生信,0代码在线绘制250+科研图,助力科研,发高分文章。Google学术引用4400+,注册用户22w+,相
功能富集分析请看前面的教程:https://www.zhihu.com/zvideo/1452795543651545088 GO、KEGG功能富集分析 | 功能富集网络图、热图绘制(代码重新)
微生信 0代码在线绘制200+款科研图,助力做ppt,发文章关注微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制发布于 2024-01-28 13:42・IP 属地海南 · 5 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 科研绘图数据可视化KEGG富集分析网络图论文插图数据分析 ...
首先要介绍的,当然是热图。虽然只是两个字却有着非常灵活的使用:可以展示表达量,可以展示某个生物过程中的基因富集情况,总体而言,但凡涉及数据而且是不同处理情况下的数据,就几乎都可以考虑是不是用热图表示一下。在SPDE中该图的绘制被放在了统计模块中。界面如下所示: ...
微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制 #科研绘图 #数据可视化 #生信分析 #论文插图 - 微生信于20240128发布在抖音,已经收获了754个喜欢,来抖音,记录美好生活!
前面讲述了富集分析泡泡图的绘制,富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。 首先看下示例数据,列数可多可少,这里只用到Description列和geneID列。 ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count Group HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_...