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最近在分析一些组学数据,所以就把相关的内容都在翻着看!那么我们推文的核心还是以绘图为主,所以就来一篇关于基因富集分析(GO、KEGG)图的制作。 Metascape是一个为基因提供功能注释的网站工具,网站不仅更新及时,而且操作简单,分析较快,对于组学研究来说确实是一个不可多得的实用工具。
1.以KEGG富集分析、GSEA富集分析、AUCell等为代表的依靠关键代谢酶和途径的差异表达和富集分析来研究预先定义的细胞的代谢变化。这种方法的缺陷在于代谢途径图中的节点/边缘结构,或代谢网络的质量平衡约束并没有考虑。 2.以耦合单细胞转录组学数据和稳态框架下的通量平衡分析为代表的scFBA、Compass。这类工具一方面考虑...
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