KEGG和GO富集分析在生物信息学研究中都是重要的工具,但它们之间存在显著的区别。总的来说,GO分析主要关注基因在生物过程中的功能、途径和
- KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合数据库,尤其是其KEGG Pathway数据库,专门存储不同物种中基因通路的信息。 分析侧重点 1. GO富集分析: - 侧重于基因功能的分类描述。 - 能够帮助了解基因参与的具体生物学活动,例如基因是具有催化活性、结合能力,还是参与细胞分裂、信号转导等过程,以及在细胞的哪...
单基因GO+KEGG富集分析 2)共表达,找到与候选基因共表达的其他基因,然和再拿这些基因去做富集分析。当然这里的共表达可以用最朴素的相关性值来衡量,比如相关系数>0.8或者<-0.8。当然也可以使用更高级一点的WGCNA分析,找个候选基因的共表达模块,然后把整个模块中的基因拿去做富集分析。 基于GEO数据的WGCNA分析 接下来...
其中,GO是基因本体论联合会建立的一个数据库,旨在建立一个适用于各种物种的、对基因和蛋白功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语义词汇标准。GO注释分为三大类,分别是:分子生物学功能(Molecular Function,MF)、生物学过程(Biological Process,BP)和细胞学组分(Cellular Components,CC),通过这三个功能...
用于进行基因富集分析的通路的信息,包含通路名称和组成通路的基因,储存在一些数据库中比如KEGG、GO。我们分别介绍: KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个包含生物系统功能和信息的数据库资源,提供了关于基因组、化学物质、代谢途径、疾病和药物等方面的信息。KEGG数据库涵盖了多个生物学领域,包括基因组学...
1. 分析目的: KEGG富集分析侧重于生物体内分子间的作用网络,尤其是代谢途径和信号传导途径。 GO富集分析则侧重于描述生物体的基因产物(如蛋白质)的功能,分为分子功能、生物过程和细胞组分三个层面。 2. 数据库内容: KEGG数据库包含了一系列的生物学途径,如代谢、遗传信息处理、环境信息处理等,以及与这些途径相关的...
GO富集分析是一种生物信息学分析方法,用于确定一组基因列表在基因本体(Gene Ontology, GO)分类中的富集情况。GO数据库(Gene Ontology,基因本体)定义了用于描述基因功能以及这些概念之间关系的概念/类别。它按照三个方面对功能进行分类: 分子功能(Molecular Function, MF),如基因的蛋白激酶活性、胰岛素受体活性等 细胞组分...
GO (Gene Ontology) 是一个标准化的基因功能分类体系,主要分为三大类:生物学过程 (biological process)、细胞组分 (cellular component) 和分子功能 (molecular function)。通过Fisher精确检验 (Fisher’s Exact Test) 来评估某个GO功能条目的富集程度。差异表达基因的功能富集分析是将所有差异表达基因与参考物种的基因...