使用cnet网络图展示富集结果中通路-gene间的所属关系。, 视频播放量 4094、弹幕量 0、点赞数 37、投硬币枚数 12、收藏人数 68、转发人数 5, 视频作者 微生信课堂, 作者简介 微生信,0代码在线绘制250+科研图,助力科研,发高分文章。Google学术引用4600+,注册用户23w+,相
功能富集分析请看前面的教程:https://www.zhihu.com/zvideo/1452795543651545088 GO、KEGG功能富集分析 | 功能富集网络图、热图绘制(代码重新)
Go <- enrichGO(gene = genetransform$ENTREZID, OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05, readable = TRUE) head(Go) 将GO富集结果写出到文件 write.table(Go,file="GO RESULT.txt",sep="\t", quote=F,row.names = F) #把结果保存为R数据。 save(Go,file ="Go result...
微生信 0代码在线绘制200+款科研图,助力做ppt,发文章关注微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制发布于 2024-01-28 13:42・IP 属地海南 · 5 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 科研绘图数据可视化KEGG富集分析网络图论文插图数据分析 ...
GO的富集分析 需要说明的一点是REVIGO对输入文件格式有一个 要求,而通常转录组中含有GO的部分是需要整理后才能满足其要求的,所以开发了对转录组结果中GO部分的处理功能: 对转录组中数据的处理 其要求的输入文件格式为: 格式1 或者 格式2 输入文件准备好了之后,可以选择一个模式进行格式化: ...
微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制 #科研绘图 #数据可视化 #生信分析 #论文插图 - 微生信于20240128发布在抖音,已经收获了754个喜欢,来抖音,记录美好生活!
GO功能富集网络图与一般功能富集柱状图和气泡图相比较的话,其优势在于可以清晰的展示出基因与功能的关系,哪些基因作用于什么功能。 如需代码相关文件,关注公众号“云生信学生物信息学”,回复‘18PC’可免费领取代码 关注up主,保证勤劳分享科研技巧,让您节省各种成本(时间、精力、资金)~ 知识分享官 知识 校园学习 ...
最近在分析一些组学数据,所以就把相关的内容都在翻着看!那么我们推文的核心还是以绘图为主,所以就来一篇关于基因富集分析(GO、KEGG)图的制作。 Metascape是一个为基因提供功能注释的网站工具,网站不仅更新及时,而且操作简单,分析较快,对于组学研究来说确实是一个不可多得的实用工具。
这期推文的封面是一张富集分析的网络图,来自文献:Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations,算是比较新颖的富集展示方法,是用Cytoscape做的。 之前我介绍过一个网页工具,可以做富集结果的网络图,这篇推文的阅读量已经是我的小破公众号关注人数的两倍多,可以看出大...
网络药理学-Part 3-Cytoscape作图(中药-疾病-成分-靶点网络图)1 19:22 网络药理学-Part 3-GO与KEGG 富集分析(Metascape与DAVID数据使用收集数据) 14:05 网络药理学-Part 4-R语言绘制VENN图(疾病与成分交集靶点的韦恩图) 10:08 网络药理学-Part 4-R语言绘制GO与KEGG富集分析柱状与气泡图(ggplot进行GO与...