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功能富集分析请看前面的教程:https://www.zhihu.com/zvideo/1452795543651545088 GO、KEGG功能富集分析 | 功能富集网络图、热图绘制(代码重新)
微生信 0代码在线绘制200+款科研图,助力做ppt,发文章关注微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制发布于 2024-01-28 13:42・IP 属地海南 · 5 次播放 赞同添加评论 分享收藏喜欢 举报 科研绘图数据可视化KEGG富集分析网络图论文插图数据分析 ...
Go <- enrichGO(gene = genetransform$ENTREZID, OrgDb = org.Hs.eg.db, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05, readable = TRUE) head(Go) 将GO富集结果写出到文件 write.table(Go,file="GO RESULT.txt",sep="\t", quote=F,row.names = F) #把结果保存为R数据。 save(Go,file ="Go result...
微生信平台-GO,KEGG富集分析结果cnet网络图绘制 #科研绘图 #数据可视化 #生信分析 #论文插图 - 微生信于20240128发布在抖音,已经收获了754个喜欢,来抖音,记录美好生活!
GO功能富集网络图与一般功能富集柱状图和气泡图相比较的话,其优势在于可以清晰的展示出基因与功能的关系,哪些基因作用于什么功能。 如需代码相关文件,关注公众号“云生信学生物信息学”,回复‘18PC’可免费领取代码 关注up主,保证勤劳分享科研技巧,让您节省各种成本(时间、精力、资金)~ 知识分享官 知识 校园学习 ...
GO的富集分析 需要说明的一点是REVIGO对输入文件格式有一个 要求,而通常转录组中含有GO的部分是需要整理后才能满足其要求的,所以开发了对转录组结果中GO部分的处理功能: 对转录组中数据的处理 其要求的输入文件格式为: 格式1 或者 格式2 输入文件准备好了之后,可以选择一个模式进行格式化: ...
网络药理学 Part1.4 学会下载和安装R语言和R studio并安装常用韦恩图包和富集分析图包 06:36 网络药理学Part 2 网络药理学整体思路-第一部分中药成分的收集与筛选--以复现文献为例子(TCMSP、TCMIP、BATMAN数据库) 16:22 网络药理学-Part2--中药成分靶点预测(SWISS、Pharmmapper) 12:13 网络药理学 Part2-...
最近在分析一些组学数据,所以就把相关的内容都在翻着看!那么我们推文的核心还是以绘图为主,所以就来一篇关于基因富集分析(GO、KEGG)图的制作。 Metascape是一个为基因提供功能注释的网站工具,网站不仅更新及时,而且操作简单,分析较快,对于组学研究来说确实是一个不可多得的实用工具。
前面讲述了富集分析泡泡图的绘制,富集分析结果也可以用网络形式同时展示富集的条目以及对应的基因。 首先看下示例数据,列数可多可少,这里只用到Description列和geneID列。 ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count Group HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_NFKB HALLMARK_TNFA_SIGNALING_VIA_...