宏基因组分箱流程 宏基因组（Metagenomics）是对整个环境中所有微生物的遗传信息进行研究的领域，而分箱（Binning）是宏基因组学中的一个关键步骤，用于将来自环境样品的混合DNA序列分成不同的组，每一组代表一个微生物群落。以下是宏基因组分箱的一般流程：1.采集环境样品：从感兴趣的环境中采集样品，可能是水、...
1) 质控Read_QC: read质控剪切和移除人类宿主 2) 组装Assembly: 质控、使用megahit或metaSPAdes拼接 3) 物种注释Kraken: 对reads和contigs层面进行可视化 分箱Bin处理模块 1) 分箱Binning: 利用MaxBin2, metaBAT2, 和CONCOCT三个软件分别分箱; 2) 提纯Bin_refinement:对多种Bin结果评估和综合分析,获得更好的结...
6.最后会输出一系列的文件,具体文件内容可以参考“二、流程参考”中给出的网站,需要重点关注的是其中的.tsv文件,打开后是一个两列文本,第一列是分箱号,第二列为序列信息,包含该序列来自哪个样本以及长度等信息: 7.有了分箱信息,下一步可以作进一步质控处理了,详细处理建议可以参考“二、流程参考”中给出的网站。
肠道和土壤宏基因组拼接叠连群的gc含量和丰度叠连群的丰度计算基于每个样品中标准化的reads覆盖度 Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP简介 MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis 题目:MetaWRAP——灵活的宏基因组数据挖掘单菌基因组分析流程 作者:Gherman V. Uritskiy, Jocelyne...
分箱工具metaWRAP 写在前面 再一次运行metawrap流程,终于将其中的问题全部解决,回想起来这篇记录已经一年了,说明只要不放弃,总会有一天可以解决问题的。另外,祝贺刘老师今天宏基因组培训课程圆满结束。你听了吗? 安装和使用请参照刘老师的两篇教程: 安装教程
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Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP简介 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/83040987 主页和软件安装教程:https://github.com/bxlab/metaWRAP 数据库布署:https://github.com/bxlab/metaWRAP/blob/master/installation/database_installation.md ...
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