在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异。 分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析、PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RD...
之后计算Beta多样性 这里的代码使用的是官网上201802的,和之前2017的有一点点区别,主要是分组的时候 --m-metadata-category 要改为 --m-metadata-column qiime diversity beta-group-significance \ --i-distance-matrix core-metrics-results/unweighted_unifrac_distance_matrix.qza \ --m-metadata-file sample-...