一、常规PCR PCR是一种用于放大扩增特定的DNA片段的分子生物学技术,其中引物的好坏与PCR结果有密切关系。PCR不仅要求引物与靶DNA特异结合,还要求DNA聚合酶能对引物进行有效的延伸(图1)。 图1 PCR实验原理 ◆ 引物设计要遵循以下原则 ◆ 01.引物长度一般在15-30bp; 02.引物GC含量一般为40%-60%; 03.引物所对...
选择在三组数据中都有 peak 的区域,Zoom In。在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 ...
1.首先通过UCSC获得特点位置的DNA序列 选择hg38的基因组 输入序列位置 即可获得DNA序列 2.通过DNA序列设计引物 BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov) 选择primer-blast 粘贴序列到PCR TEMPLATE,MAX选择250,C,G比例调节一下,其他按照正常设计引物来,get primer 利用UCSC-blast检测。选择in-silico pcr...
一般做chip-qpcr的话，可以先用JASPAR去预测一下结合位点，然后根据位点去设计；或者有seq的结果的话就...
在正式进行CHIP实验前,可以通过PCR预实验来验证引物的扩增效率。通过比较不同引物在相同PCR反应条件下的扩增产物量,可以选择扩增效率最高的引物对进行后续实验。 综上所述,通过优化引物长度、调整GC含量、避免二级结构和反向互补、选择合适的退火温度、优化PCR反应条件以及进行PCR预实验验证等方法,可以确保CHIP引物的扩增...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...
qPCR引物设计流程与普通PCR一致,但相较于普通PCR的引物设计原则,qPCR更为严格,具体如下: 1. 引物的退火温度要高,一般要在60℃以上; 2. 引物的产物大小不要太大,一般在80-250bp之间都可; 3. 对于定量PCR来说,特别是在使用SYBR Green的情况下,引物二聚体的存在对结果的干扰较大,所以在选择引物时要尽量避免...
2、PCR的阴性引物对照:选做 考虑目的蛋白抗体与DNA的非特异性结合的可能,所以通常还会选择数对阴性引物,即目的蛋白肯定不会结合的DNA序列,作为该抗体的阴性对照。 3、PCR的阳性引物对照:选做 4、Spike-in参照:选做 什么是ChIP spike-in? ChIP Spike-in指的是在一个ChIP实验中,在纯化富集得到的目的DNA片段混合液...
方法：微量ChIP-seq 摘要：减数分裂(细胞分裂方式)是生物细胞中染色体数目减半的分裂方式，基因转录和染色...
一般做chip-qpcr的话，可以先用JASPAR去预测一下结合位点，然后根据位点去设计；或者有seq的结果的话就...