选择在三组数据中都有 peak 的区域,Zoom In。在有 peak 富集的区域选择 DNA 序列用来设计阳性对照的引物。对于你感兴趣的结合位点,可以先定位到基因,再根据 ChIP-Seq 的数据选择有 peak 富集的区域。 获取DNA 序列 获得DNA 序列了,就可以进一步利用 Primer 5 ...
1.首先通过UCSC获得特点位置的DNA序列 选择hg38的基因组 输入序列位置 即可获得DNA序列 2.通过DNA序列设计引物 BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov) 选择primer-blast 粘贴序列到PCR TEMPLATE,MAX选择250,C,G比例调节一下,其他按照正常设计引物来,get primer 利用UCSC-blast检测。选择in-silico pcr...
设计引物就遵循一般引物设计规则就好，水解后的产物里只要包含一段就能pcr。担心水解太彻底，那就稍微短一...
3、PCR的阳性引物对照:选做 4、Spike-in参照:选做 什么是ChIP spike-in? ChIP Spike-in指的是在一个ChIP实验中,在纯化富集得到的目的DNA片段混合液中掺入一定量的已知序列外源DNA片段(最常用的就是lambda噬菌体的DNA)用于整个实验的质控及标准化,后续的荧光定量PCR可以检测Spike-in,得到的Ct值可以作为内参对目...
引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不必强求退火温度比Tm低5度。 2. qPCR的产物长度一般不要太长,80-150bp就可以,因为在ChIP实验中染色质被片段化,你的PCR扩增的片段越长,这段DNA被打断的可能性就...