•这种靠近为启动子和增强子之间的相互作用提供了可能性。 转录因子的介导 •转录因子可以与启动子和增强子的序列特异性结合。 •当转录因子结合在增强子上时,可以通过DNA环路与启动子相互作用。 •这种增强子与启动子的相互作用可以促进转录因子的结合,增强基因表达。 长程相互作用 •通过染色质构象的调节,增强...
经典的环模型 (我们统称为结构桥模型) 将这些增强子-启动子相互作用描述为一个物理桥梁，通过这个物理桥梁，增强子和启动子可以通过转录因子、RNA聚合酶II (Pol II)、介质、内聚蛋白和其他蛋白质和复合物之间高度刻板的蛋白质-蛋白质相互作用连接起来。事实上，基于染色体构象捕获 (3C) 的方法，如原位Hi-C和Micro-C...
经典的环模型 (我们统称为结构桥模型) 将这些增强子-启动子相互作用描述为一个物理桥梁,通过这个物理桥梁,增强子和启动子可以通过转录因子、RNA聚合酶II (Pol II) 、介质、内聚蛋白和其他蛋白质和复合物之间高度刻板的蛋白质-蛋白质相互作用连接起来。事实上,基于染色体构象捕获 (3C) 的方法,如原位Hi-C和Micro-C,...
近日，瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions，通过对特定启动子的分析，将增强子定位在染色体不同位置上，揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及输出的非线性相关关系。染色体构象捕获实验发现增强子与...
近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions,通过对特定启动子的分析,将增强子定位在染色体不同位置上,揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及...
近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions,通过对特定启动子的分析,将增强子定位在染色体不同位置上,揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及输出的非线性相关关系。
首先,作者研究CTCF介导的环如何促进以及规范增强子-启动子相互作用。SOX2是调节胚胎发育和诱导多能干细胞生成的一个不可或缺的因子。它也在神经干细胞和祖细胞中表达。胚胎干细胞中超过95%的Sox2表达是由Sox2调控区域(Sox2control region,简称SCR)所介导,这一...
本研究提出一种新的实验方法CRISPRi-FlowFISH用于量化增强子对基因的影响,并提出一个名为ABC(Activity-by-contact model)的模型用于预测增强子-基因之间的相互作用。 1 研究背景 人类基因组中的增强子可以控制基因在特定细胞类型中的表达。因此,增强子的遗传变异会导致许多常见疾病。但是,哪些增强子调节哪些特定基因,这个...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。