•通过增强子的作用,可以增强启动子的转录效率,从而提高基因的表达水平。 •启动子和增强子的相互作用可以调控基因表达的空间和时间。 稳定性和遗传性 •启动子和增强子的相互作用可以增加基因表达的稳定性。 •部分启动子和增强子的相互作用模式可以被保留并遗传给后代。 结论 启动子和增强子在基因调控中扮演着重...
说到相互作用,这就好比两个好朋友,彼此之间有着微妙的默契。增强子和启动子之间的关系就像是兄弟般的情谊。增强子通过结合转录因子,提升启动子的活性,确保基因能顺利被表达。这种互动简直像是在跳舞,增加了基因表达的节奏感。启动子就像舞者,而增强子则是那种能够让舞蹈更加绚丽的灯光。它们的配合,让整个过程显得生动有...
增强子是指能够增强其上游或下游基因转录的DNA 序列,主要的功能是与其特异性反式作用因子相互作用,增强基因的转录效率。 沉默子为负控元件,能抑制上游或下游基因转录的DNA序列。当其结合特异蛋白质因子时能对基因的转录起阻遏的作用。 绝缘子长约几百个核苷酸对,是通常位于启动子同正调控元件(增强子)或负调控因子(为...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。 表1 EPIVAN-specific在每个细胞系上的AUROC值 表2 EPI...
为了解决这些问题,作者提出了一个新的深度学习模型,EPIVAN,只需要输入增强子和启动子的基因序列就可以预测增强子和启动子的相互作用。这项工作的三个贡献如下:(1)使用基于人类全基因预训练的DNA向量来编码增强子和启动子。(2)使用注意机制来增强关键特征对模型的贡献,从而提高模型的性能。(3)建立了一个通用模型,它具...
所有哮喘DMR相关基因显示出预测或基于实验的互作关系。仅显示具有多个连接的模块。受DMR调控的增强子靶基因...
启动子是转录起始位点上游与RNA聚合酶结合的一段DNA序列,能使RNA聚合酶与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。增强子和启动子的相互作用关键影响了基因的表达调控,和人类疾病的发生密切相关。... chip_seq在增强子研究中的应用 欢迎关注”生信修炼手册”!增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。
为了解决这些问题,作者提出了一个新的深度学习模型,EPIVAN,只需要输入增强子和启动子的基因序列就可以预测增强子和启动子的相互作用。这项工作的三个贡献如下:(1)使用基于人类全基因预训练的DNA向量来编码增强子和启动子。(2)使用注意机制来增强关键特征对模型的贡献,从而提高模型的性能。(3)建立了一个通用模型,它具...
增强子和启动子作为重要的基因调控元件可以调控基因的表达.研究增强子和启动子的相互作用规律对人类发展具有重大的意义.但是通过生物实验的方式来判断二者之间的关系费时费力.因此,大量的研究人员希望通过生物计算的方法来解决这一难题.近些年快速发展的基因测序技术提供了大量的生物序列数据,这使得通过分析基因序列来预测启动...