启动子和增强子相互作用 什么是启动子和增强子 启动子的定义和功能 •启动子位于基因的上游区域,在转录起始位点附近,一般由一系列特定序列组成。 •启动子是基因转录的起点,它与转录因子的结合使得转录酶能够结合并开始转录过程。 增强子的定义和功能 •增强子位于启动子附近的DNA序列,可以远离转录起始位点。 •增...
经典的环模型 (我们统称为结构桥模型) 将这些增强子-启动子相互作用描述为一个物理桥梁，通过这个物理桥梁，增强子和启动子可以通过转录因子、RNA聚合酶II (Pol II)、介质、内聚蛋白和其他蛋白质和复合物之间高度刻板的蛋白质-蛋白质相互作用连接起来。事实上，基于染色体构象捕获 (3C) 的方法，如原位Hi-C和Micro-C...
测试K562细胞中5920个候选增强子的功能,发现功能增强子-启动子对的标准化接触数量显著增加。此外,在相同的超级增强子中,与非功能成分相比,功能成分增强子与目标启动子的接触频率显著更高。即使在排除基因组距离、位点特异性调控效应、染色质可及性和其他混杂因素的影响后,功能活跃的增强子-启动子对的增强子-启动子相互作...
摘要:美国加州大学Evgeny Z. Kvon及其研究组的最新研究表明,在哺乳动物发育增强子激活过程中增强子与启动子之间相互作用增加。该项研究成果发表在2024年3月20日出版的《自然-遗传学》上。 美国加州大学Evgeny Z. Kvon及其研究组的最新研究表明,在哺乳动物发育增强子激活过程中增强子与启动子之间相互作用增加。该项研究...
近日，瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文章Nonlinear control of transcription through enhancer-promoter interactions，通过对特定启动子的分析，将增强子定位在染色体不同位置上，揭开增强子转录效应与启动子相互作用已以及输出的非线性相关关系。染色体构象捕获实验发现增强子与...
哺乳动物的染色体结构是通过调控增强子和启动子之间的三维相互作用来调控转录的,特别是通过CTCF介导的环与拓扑关联结构域(Topologically associating domains,TADs)【1-2】。但是染色体之间的相互作用是如何转化为转录产物的还不甚清楚。 近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·米歇尔生物医学研究所Luca Giorgetti研究组在Nature上发表了文...
哺乳动物的染色体结构是通过调控增强子和启动子之间的三维相互作用来调控转录的,特别是通过CTCF介导的环与拓扑关联结构域(Topologically associating domains,TADs)【1-2】。但是染色体之间的相互作用是如何转化为转录产物的还不甚清楚。 近日,瑞士巴塞尔弗里德里希·...
CTCF非依赖机制所驱动的增强子-启动子之间的相互作用研究的并不算深入,但已经发现LDB1, YY1和调节因子复合物(the mediator complex)等分子桥梁。另外,增强子-启动子之间的接触也是基因转录的步骤之一,同样是相同转录因子所调控基因簇的组成成分和相似组蛋白修...
CTCF非依赖机制所驱动的增强子-启动子之间的相互作用研究的并不算深入,但已经发现LDB1, YY1和调节因子复合物(the mediator complex)等分子桥梁。另外,增强子-启动子之间的接触也是基因转录的步骤之一,同样是相同转录因子所调控基因簇的组成成分和相似组蛋白修饰的染色质调控因子。
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。