因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。 表1 EPIVAN-specific在每个细胞系上的AUROC值 表2 EPI...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。 表1 EPIVAN-specific在每个细胞系上的AUROC值 表2 EPI...
因为增强子和启动子相互作用存在细胞系特异性,所以作者首先构建了特异性模型,EPIVAN-specific。并通过实验证明了,在指定细胞系上训练的EPIVAN-specific能够很好地预测该细胞系上的增强子和启动子相互作用,但是在其他细胞系上就失去了预测能力(如表1和表2所示)。 表1 EPIVAN-specific在每个细胞系上的AUROC值 表2 EPI...
增强子-启动子相互作用(Enhancer-Promoter Interactions,EPIs)是调控特定位点基因表达的启动子与用于增强转录能力的增强子,通过跨越基因组发生协同作用,控制特定基因表达的过程.研究EPIs对理解基因调控关系,揭示与EPIs相关的疾病机制有重要驱动作用.传统生物实验技术为EPIs的大规模快速检测奠定了基础,但仍需要较长的处理时间和...
Prediction with Hilbert Curve and CNN Model.2021 IEEE 9th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.2021,全文.审查员 杏运 (54)发明名称基于Hilbert编码的增强子-启动子相互作用预测方法及装置(57)摘要本发明公开了一种基于Hilbert编码的增强子‑启动子相互作用预测方法及装置,属于生物...
1.本发明涉及生物信息技术领域,具体涉及一种基于hilbert编码的增强子 ‑ 启动子相互作用预测方法及装置。 背景技术: 2.随着基因研究的不断深入,研究者发现非编码dna具有重要的生物学意义,它们与细胞调节、基因功能信号传导等重要生物功能紧密相关。增强子是非常重要的非编码dna元件之一,在控制基因表达中起到核心作用。
本发明公开了基于多头注意力机制的增强子启动子相互作用预测模型构建方法,包括步骤:分别对增强子序列数据与启动子序列数据进行数据预处理;采用滑动窗口法分别获取增强子序列与启动子序列的kmer子序列,独热向量化kmer子序列后,再通过词嵌入分别得到增强子序列的降维独热向量XE和启动子序列的降维独热向量XP;将降维独热向量XE...
多特征融合序列特征应用综述疾病诊疗研究增强子-启动子相互作用机理有助于人们理解基因调控关系,进而揭示与疾病相关的基因,为疾病诊疗提供新思路和新方法.传统的生物检测方法的实验成本高,耗时长,且受分辨率的限制,难以精确鉴定单个增强子-启动子的相互作用.通过计算方法来解决生物问题已成为近年来的研究热点,此类方法可以...
本发明公开了一种基于Hilbert编码的增强子启动子相互作用预测方法及装置,属于生物信息领域.针对现有方法未考虑增强子和启动子空间位置信息的问题,本方法的核心贡献在于提出基于希尔伯特空间曲线的编码方式,它保留增强子序列和启动子序列在三维空间中的位置信息,进而提高模型预测准确率.除此之外,该方法通过迁移学习预训练策略...
本发明公开了一种涉及生物信息领域的基于堆叠式集成策略用于高效识别特定细胞系增强子启动子相互作用的预测方法.该预测方法的步骤为:获取6个特定的人类细胞系中的增强子,启动子基因序列,对所有的细胞系的非平衡序列数据进行相同的数据预处理;使用6种特征提取方式提取特征;使用7种计算方法以堆叠式集成的方式训练模型.输入...