为了能够更快地得到匹配结果,我们采用邻接法,其中的方法将选用Bootstrap method。因为邻接法通常与Bootstrap方法结合使用,以评估构建的进化树的可靠性。Bootstrap方法是一种重采样技术,用于生成多个数据集的重复样本,从而通过多次构建进化树来估计结果的可靠性。 最终得到的基因进化树结果如下: 相信通过这篇的讲解,大家...
基于树的直系同源推断是通过同源序列比对和重建树来识别直系同源基因,以找到那些最可能是通过物种分化而不是通过基因复制或水平基因转移的同源基因。这些方法在概念上最接近直系同源基因的定义,但它们的计算成本很高,因为它们需要对整个基因家族进行比对和系统发育推断,而这些基因家族通常由数百个序列组成。由于系统发育信号...
三、下载序列的处理 为了进一步地使得后面构建的进化树中,能够很好地观察到物种名,我们在这里需要对>后面的id和物种名进行处理,将id名替换成为物种名 所以在此我们将使用正则表达式进行替换,如图所示为替换的方式,其中的Find what中的字符为>([^ ]+).*\[(.*)\] >([^ ]+).*\[(.*)\]的意思是:匹配以...
1 在将上述基因序列保存好了之后，开始构建基因进化树。首先在网上寻找到MEGA6.0的软件，并将其下载下来，如图所示文件夹。2 打开MEGA6的文件夹，找到MEGA6.06 exe，运行软件，弹出如图所示。3 点击表头的Align，点击edit/Build Alignment,弹出如下对话框。点击ok。4 完成上述步骤后，弹出如下对话框，选择DNA，弹出...
-, 视频播放量 205807、弹幕量 51、点赞数 2919、投硬币枚数 1308、收藏人数 6018、转发人数 1778, 视频作者 小卓爱磕盐, 作者简介 ,相关视频:基因进化树的构建和美化(上)【NCBI基因序列的下载】,基因进化树的构建和美化(下) 【evolview网站美化进化树①】,多序列比
构建基因进化树可以帮助我们了解物种之间的亲缘关系和演化历史。以下是构建基因进化树的一般步骤: 1.收集基因序列数据:首先,需要收集感兴趣物种或个体的基因序列数据。这些基因序列可以是DNA序列、蛋白质序列或其他分子标记。 2.序列比对:将收集到的基因序列进行比对,找出相同的区域。这可以通过使用比对算法(如ClustalW、...
基因组进化树构建之前需要收集至少4组基因组序列才能进行后面的基因比对和进化树构建。今天来讲解一下基因进化树构建的前期准备，基因组序列的查找和保存。工具/原料 NCBI 百度 方法/步骤 1 首先，点击百度，输入NCBI，弹出如下对话框，点击第一个，进入NCBI。2 将all databases 改成nucleotide，如图所示 3 在空白处...
3. 利用单拷贝基因构建系统发育树 Orthofinder的 Single_Copy_Orthologue_Sequences下存放着单拷贝同源基因的序列,我们可以利用这些序列构建系统发育树 建树方法可以分为串联法与并联法 不同的是,串联法是将得到的单拷贝同源基因比对后进行了串联,每个物种都得到一个很大的序列,然后进行建树;并联法是将每个单拷贝同源基...
距离矩阵的计算是树构建的重要步骤之一。常用的距离矩阵计算方法有: 1.欧氏距离法:直接计算不同物种间基因序列的差异数目,得到距离矩阵; 2. Kimura距离法:基于Kimura模型计算不同物种间基因序列的差异概率,得到距离矩阵; 3. Jukes-Cantor距离法:考虑基因序列的突变率和进化速率,计算不同物种间基因序列的差异概率,...
基因家族树构建最常用的方法是NJ 法和ML 方法,构建进化树之前,需要进行多序列比对。 多序列比对 多序列比对的作用是将核酸或者氨基酸序列对齐,使得相同残基的位点位于同一列,这样以便于发现不同的序列之间的相似部分。 这里使用 muscle 进行多序列比对。