单拷贝直系同源基因在构建进化树中起到关键作用,因为它们可以在不同物种间进行对比,揭示物种间的亲缘关系。 二、构建进化树的方法和步骤 1.收集数据:首先需要收集多个物种的基因组数据,找出单拷贝直系同源基因。这些基因通常具有较高的保守性,可以在多个物种间找到。 2.比对基因组:将不同物种的基因组序列进行比对,...
单拷贝直系同源基因,作为一种特殊的基因类型,在进化树构建中具有重要的应用价值。本文将介绍单拷贝直系同源基因的概念、性质以及在进化树构建中的应用。 II.单拷贝直系同源基因的定义和性质 单拷贝直系同源基因是指在基因组中仅存在一个拷贝的基因,它来自于物种的祖先,并在后代物种中保持不变。单拷贝直系同源基因具有...
SpeciesTree_rooted.txt 基于所有蛋白序列构建的进化树(可能不是真实的进化关系,因为涉及到染色体倒位等结构变异) SpeciesTree_rooted_node_labels.txt 和上面一样的树,有label Single_Copy_Orthologue_Sequences里面是单拷贝直系同源基因的fa文件,每个fa文件里是每一个物种的一条序列。 Orthogroups目录 Orthogroups_Sin...
最近用Orthofinder做物种进化树,最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大,在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的,然后跟老师请教之后发现不是,这也就解释了为什么我的结果不够准确,于是重新用单拷贝直系同源基因分析了一遍,最后得到了准确结果,在此记录一下 1 安装Orthofinder conda inst...
(1)同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点 (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene Gblocks (4)进化树构建 RaxML MEGA
而单拷贝直系同源基因(single copy orthologousgenes)作为进化树构建的重要依据,对于进化树的准确性和可靠性起着至关重要的作用。本文将围绕单拷贝直系同源基因的构建方法以及在进化树构建中的应用进行详细阐述。 II.直系同源基因的定义和作用 直系同源基因(orthologous genes)是指在进化过程中,起源于同一祖先基因,分别...
构建单拷贝直系同源基因的方法主要包括以下两个步骤: (1)寻找直系同源基因:通过比对不同物种的基因组序列,利用生物信息学方法找到具有相似序列和功能的基因。 (2)构建进化树:利用生物统计学方法,如最大似然法、贝叶斯法等,根据直系同源基因的序列差异构建进化树,以揭示物种间的进化关系。 3.进化树的构建和分析 进化...
mafft:V7.480软件对上面计算出来的直系同源单拷贝基因进行多序列比对 mafft--auto Single_Copy_Orthologue_Sequences/OG0000648.fa python:V3.7. 脚本串联属于每一个细菌的比对好的蛋白序列 iqtree:V2.1.3用上面串联好的fasta文件计算进化树,算法是最大似然法 ...
最近在跑一个很大的数据集,大概有3500条以上的基因序列,因为数量太大,跑树有点搞不定,特此来记录一下这个过程 超过3000个基因组iqtree直接跑断 直接跑了iqtree core dump fasttree >>> core dump 1、gtdbkt一条龙抽单拷贝 gtdbtk classify_wf --genome_dir share_BC_ref --out_dir ./share_BC_ref_outpu...
利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树 - 简书 (jianshu.com) 创建conda环境,我个人命名为orthofinder,在该环境下用conda就可安装orthofinder,muscle,mafft,seqkit,phyml软件。 其他软件prottest,RAxML可以官网下载,安装就看README或者INSTALL。比如prottest,最后还要把phyml软链到bin下,比如RAxML,make命令选一个跟...