通过分析植物转录组数据,我们可以发现不同植物之间的基因表达模式及其差异,从而揭示植物的演化历史。 三、植物基于转录组基因构建系统发育树的流程 1.数据采集:首先需要收集不同植物样本的转录组数据,这些数据可以通过RNA测序技术获取。 2.数据预处理:对采集到的转录组数据进行质量控制、过滤和去除低质量序列,以确保后续...
makeblastdb -in genome.faa -out genome -dbtype prot blastp -query all.fa -db genome -out all_to_genome -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 12 cat all_to_fungi | awk '$3>60 && $11<1e-10'>0-fungi10 for a in $(cat falist); do grep $a 0-moregenome > more_genome/$a...
相关知识点: 试题来源: 解析 1、得到未知基因的DNA序列,用Blast做序列比对,找出与其基因相似的核苷酸序列和蛋白质序列。2、接着,用搜索出来的较相似的序列用ClustW进行多序列比对,得到该序列的保守情况和突变情况。3、最后用距离法构建系统发育树。反馈 收藏 ...
基因工程又称基因拼接技术和DNA重组技术,首先通过酶切或人工合成等方式获取目的基因,然后将目的基因与运载体组成形成重组DNA分子,导入受体细胞,以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品,本题当中使用的运载体是Ti 质粒,受体细胞是农杆菌。 (1)分析图示,使用的运载体是Ti质粒,因此限制酶切割的部位是T-DNA...
由图可知,①是目的基因,②表示构建基因表达载体,③表示脱分化,④表示再分化,甲表示愈伤组织。 (1)T-DNA可以转移至受体细胞并整合到受体细胞的染色体DNA上,故需要用HindIII和BamHI在Ti质粒的T-DNA上进行切割。①目的基因含有3个酶切位点,被HindIII和BamHI酶切后,可能打开0个切口、1个切口、2个切口、3个切口...
栾树适合生长于石灰石风化产生的钙基土壤中,抗恶劣环境的能力强,因此常用于矿区废弃地恢复过程中的种植。为了增加栾树的耐旱性,某科研所将耐旱基因导入栾树中,流程图如下。回答下列相关问题: (1)使用HindIII和BamHI在Ti质粒的___上进行切割。经过②构建的产物称为___,经过③可形成具有___能力的薄壁细胞,进而...
(1)构建重组质粒的过程中,为了避免目的基因和载体切割后产生的末端发生任意链接,应选择限制酶___分别切割载体和含目的基因的DNA片段,完全酶切后产生的DNA片段分别为___,经DNA连接酶连接后,可以得到___种重组质粒。 (2)如果将耐旱基因直接导入栾树细胞,一般情况下...
多序列比对的结果中排列不好的区域;用perl程序find_raxml_tree_cds_protein_mpest_shell.pl把建树程序raxml集成在perl脚本中,方便进行大规模的单基因树构建;最后,用perl程序generate_mpest_genetress_shell.pl和generate_astral_genetress_shell.pl生成mpest和astral-ii要求的基因树输入格式,完成基于单基因树构建...
第一方面,实施例提供了一种发根农杆菌介导的转基因杨树的构建方法,其包括以下步骤:将外植体接种于固态且预培养有发状根农杆菌菌落的基础培养基上,共培养后筛选培养至外植体内浸染有发状根农杆菌。 第二方面,实施例提供如前述实施例所述的发根农杆菌介导的转基因杨树的构建方法在植物育种中的应用。
以下是一个基于转录组基因构建系统发育树的基本流程: 一、样本收集与RNA提取 首先,我们需要从目标植物物种中收集样本,这通常包括不同种或亚种的多个个体。然后,使用标准的RNA提取方法(如Trizol法或RNeasy试剂盒)从组织样本中提取总RNA。 二、cDNA合成与测序 提取的RNA经过逆转录形成cDNA,并进行高通量测序,如Illumina...