4.提取目标物种的P450基因家族所有蛋白序列 TBtools中Fasta Extract,输入目标物种所以蛋白fasta文件和P450基因名,设置输出结果。 得到目标物种的P450基因家族的序列就完成了很重要的一步,接下来可以进行基因家族分析。 5.基因家族Motif分析 首先打开MEME网页进行在线分析,设置输入P450基因家族蛋白序列点击提交。 上传数据后会...
在基因结构上可视化结构域特征 事实上上,上面的都比较直观,我们可以看到“基因结构”和“蛋白结构域”是分开绘制的。但事实上,蛋白结构域,本身对应的也是mRNA序列,回到基因组上,那么就是基因结构上的某一段。所以 TBtools 最初直接提供了两个输入区域,用户只需要考虑具体蛋白坐标或者mRNA坐标就可以可视化序列特征到基因...
#Tbtools基因家族分析番外篇#进化树与Motif,Doamin,Gene structure一起展示 2.2万 4 11:01 App 【TBtools】做基因家族之基因结构分析 8.5万 226 1:32:00 App 科研神器-TBtools- 90分钟完全掌握基因家族分析~ 2.2万 2 1:29 App PlantCARE,预测基因启动子顺式作用元件 1.3万 2 3:42 App 生信分析之基因id...
4.提取目标物种的P450基因家族所有蛋白序列 TBtools中Fasta Extract,输入目标物种所以蛋白fasta文件和P450基因名,设置输出结果。 640.png 640.png 得到目标物种的P450基因家族的序列就完成了很重要的一步,接下来可以进行基因家族分析。 5.基因家族Motif分析 首先打开MEME网页进行在线分析,设置输入P450基因家族蛋白序列点击...
在TBtools 中可视化基因结构,用户只需要直接下载物种数据库提供的基因结构注释信息文件,一般是几十Mb的GTF/GFF3文件,而不需要进行任何处理,就可以直接用于基因结构可视化,相应的, TBtools 需要用户至少给 ID 列表,或者进化树。因为 TBtools 会基于这些IDs信息,自动提取出对应的基因结构,随后可视化。
基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。准备这个图 除了把各部分画出来再使用ps将图片拼接起来以外,还可以用TBtools直接绘制这种效果的图片。其实绘制方法并不难,对于小白来说不友好的是准备绘图所需要的文件,本文旨在帮助像我一样刚入门的生信小白解决如...
在TBtools 中可视化基因结构,**用户只需要直接下载物种数据库提供的基因结构注释信息文件,一般是几十Mb的GTF/GFF3文件,而不需要进行任何处理,就可以直接用于基因结构可视化**,相应的, TBtools 需要用户至少给 ID 列表,或者进化树。因为 TBtools 会基于这些IDs信息,自动提取出对应的基因结构,随后可视化。
基因家族分析的论文中通常会把基因家族成员的进化树、基因结构、motif分析放在一张图里。效果如图一。准备这个图 除了把各部分画出来再使用ps将图片拼接起来以外,还可以用TBtools直接绘制这种效果的图片。其实绘制方法并不难,对于小白来说不友好的是准备绘图所需要的文件,本文旨在帮助像我一样刚入门的生信小白解决如何准...
基因家族的Motif分析则通过MEME在线工具完成，通过设置输入P450基因家族蛋白序列并提交，软件将自动识别并提供Motif分析结果。这些结果在TBtools中进行可视化展示，便于研究者直观理解基因家族的特征。保守结构域的分析则借助NCBI的Batch CDD在线工具，通过输入P450基因家族蛋白序列进行在线分析，结果文件下载后在...
进化树+Motifs+Domains+基因结构,一键可视化 生信石头 基因家族分析——motif可视化(MEME VS TBtools) 二哈学姐 18:00 【基因家族分析教程视频】6. 顺式作用元件 朱墨老师 17:57 生物信息学分析:保守基序和基因结构分析 打开了一个世界 18:07 二哈学姐