TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。 这样基因家族进行分析,进化树、...
在基因结构上可视化结构域特征 事实上上,上面的都比较直观,我们可以看到“基因结构”和“蛋白结构域”是分开绘制的。但事实上,蛋白结构域,本身对应的也是mRNA序列,回到基因组上,那么就是基因结构上的某一段。所以 TBtools 最初直接提供了两个输入区域,用户只需要考虑具体蛋白坐标或者mRNA坐标就可以可视化序列特征到基因...
最后，基因家族的进化分析通过MEGA构建进化树，输入目标物种P450基因家族的蛋白质序列，进行多序列比对，然后使用最大似然法构建进化树。所有结果在TBtools中展示，包括进化树、Motifs、结构域和基因结构的综合视图。总之，TBtools提供了一个全面的基因家族分析平台，从数据准备到结果展示，简化了复杂分析流程，提...
TBtools中 Gene Structure View (Advanced), 共输入4个文件,从上到下,第一个进化树的.nwk格式文件,第二个MEME结果文件.xml格式,第三个基因组注释文件。gff格式,第四个Batch-CDD结果文件(这个需要手动修改,第一列基因名,第二列,起始位置,第三列终止位置,第四列蛋白质结构域)。 640.png 640.png 这样基因家族...