首先,我们简化了基因ID的名字,让它们看起来更整洁。然后,我们自定义了输出路径,这样结果会更方便查看。 PRMT成员的鉴定及进化树分析 接下来,我们分别在拟南芥和水稻中比对出了核桃的PRMT基因。比对结果出来后,我们将其导入到MEGA软件中,进行系统进化树的构建。 基因ID的替换 在构建进化树之前,我们进行了基因ID的替...
treebest 是一款 linux 服务器构建进化树的软件,可以用来构建 NJ 树。 # 使用treebest软件构建NJ树treebestnj-W-tjtt-b1000./pep.mfa>treebest.out## -w 去除根节点;-t 指定模型;-b 进行1000次bootstrap分析 fastatree构建进化树 fasttree 使用 ML 方法构建进化树,默认使用 JJT 模型,运行速度快。 #默认模型...
先来看昨天基因家族分析(1)——基因家族成员的确定②提到的那篇文章中的系统发育树,总体来看还是可以的,但是这样一个进化树如果强行用MEGA来美化就有点吃力了,所以先来建树。 2开始操作 2.1 获取数据 获取数据的方式多种多样,由于上一篇推文已经获取到马铃薯hsp20基因的蛋白序列,也提取到拟南芥hsp20基因的序列,因此...
(2) 对拟南芥和凤梨SBT基因家族cds序列进行比对,并构建进化树文件 3.序列比对与进化树构建 3.1数据准备 由于在序列比对构建进化树过程中需要使用拟南芥数据,在这里我们仍然按照菠萝所需基因组数据下载拟南芥相关数据,并先对部分进行处理。可以看到cds和蛋白质序列中的序列数和基因数量是相等的,因此我们不需要对其进行更改。
距离矩阵的计算是树构建的重要步骤之一。常用的距离矩阵计算方法有: 1.欧氏距离法:直接计算不同物种间基因序列的差异数目,得到距离矩阵; 2. Kimura距离法:基于Kimura模型计算不同物种间基因序列的差异概率,得到距离矩阵; 3. Jukes-Cantor距离法:考虑基因序列的突变率和进化速率,计算不同物种间基因序列的差异概率,...
构建一个颜色文件, 只要包含两个参数就行——node和color,和之前的进化树的node 号一一对应起来。这样的格式就可以了。 nodecolor1orange2orange3orange 读取这个颜色文件,我习惯用read.csv()来载入外部数据。 代码语言:javascript 复制 #让进化树着色,变成自己需要的颜色。先根据节点,构建自己的颜色数据框 ...
首先是根据基因ID获取基因家族全部cDNA碱基序列构建进化树 然后是根据基因ID获取基因家族全部蛋白质氨基酸序列构建进化树 最后是根据基因家族的motif查询全部基因后获取序列构建进化树 现在让我们看第一个教程,以趋化因子基因家族为背景来获取序列进行多序列比对后绘制系统发育树。
基因家族分析的关键步骤包括进化树的构建与美化。常用的构建方法有NJ法和ML法，首先需要进行多序列比对，通过比对将核酸或氨基酸序列对齐，识别相似部分。muscle是常用的多序列比对工具，对于大量序列或ML方法建树，个人电脑可能处理不了，推荐使用服务器。对于NJ树，treebest是Linux服务器上的选择，而fasttree则...
构建与美化进化树，是基因家族分析中的关键步骤。不仅仅是为了美观，更重要的是要清晰、准确地描绘出生物物种间的进化关系。在实际操作中，常常需要通过专业的软件进行建树并进行美化。MEGA、MAFFT、Evolview、iTOL等软件，是构建与美化进化树的常用工具。构建进化树的第一步是获取数据。数据的获取方式多样，...
绘制某一基因家族的进化树,这是基因组学研究过程中不可缺少的一部分。划分成不同的基因家族的依据一般是其具有某一相同的结构域,下面我将以水稻中GUB_WAK_bind类家族绘制一下进化树。参考中国农大徐明良老师于2015年发表于NG上的Zm-WAK文章。 软件安装