bulk rna-seq和单细胞测序的原理 Bulk RNA-seq和单细胞测序都是基于高通量测序技术的RNA分析方法,但其原理有所不同。 Bulk RNA-seq技术原理: 1. 提取RNA:从样品中提取总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA等。 2. RNA库构建:将提取的RNA进行反转录,并通过PCR扩增,构建成RNA-seq文库。 3.测序:将文库通过高通量测序...
本研究结果显示,中性粒细胞中的雌激素反应受到抑制,这与BulkRNA-seq分析的结果一致,表明大多数中性粒细胞介导的过程在UTI组中受到抑制。 图5 UTI和对照组的单细胞RNA-seq分析。(A)有和无UTI治疗样本的倾向评分匹配的平衡诊断;(B)...
PART 02单细胞测序与Bulk RNA-Seq一致性分析 对相同样本组织进行Bulk RNA-Seq与单细胞测序,可评估单细胞测序结果的准确性。Bernard T.l等采用此方法评估了单细胞测序数据和 Bulk RNA-Seq 数据的表达相关性,结果发现,解离诱导基因 Fos、Jun、Socs3、HSPA1A、HSPA1B 等在两组测序结果中表达量接近,并且单细胞测序...
bulk RNA-seq 实验中差异表达的基因代表条件之间大细胞聚集体中总表达水平的变化。因此,条件之间的表达倍增是重要且有意义的,因为它告诉我,在一种条件下表达基因 A 的细胞大约是另一种条件下表达基因 A 的细胞的两倍。对于单细胞“差异表达”,大多数时候我真正想知道的是哪些基因在一组细胞中表达,而在其他任何地...
bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别:单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。因此主要的关注点应该放在不同细胞类型结果的比较。两种测序手段的主要差异性体现在两点: amplification(扩增 up to 1 million fold) ...
在Bulk RNA-seq数据集中,通过DESeq2工具分析NASH组和健康组Kupffer细胞之间的差异表达基因。主要的差异表达基因包括Cd9、CS、Dlat、Map4k4、Midn、C2、Lipa等(图4A)。然后使用这些差异基因进行基于GO的功能通路富集分析,发现细胞黏附、骨髓细胞稳态和骨髓细胞分化等功能显著富集(图4B)。
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
Bulk RNA-seq: 它测定的是一个大的细胞群体中的每一个基因的平均表达水平。对比较转录组学、找疾病标志物、同质系统等研究非常有帮助。 scRNA-seq:它测定的是细胞分群中每个基因的表达量分布。对细胞异质性、细胞亚群细化、稀有细胞类型鉴定、细胞种群动态等研究很有帮助。
单细胞的RNA-seq我从来没有接触过,所以要从头开始学习。但是用王院长的话就是:“不是和普通的RNA-seq差不多嘛!”。。。当然了,对于他那种专家级别的当然什么样的分析都是差不多的,但是对于我一个白的不能再白的小白来说,这是一块还比较复杂比较难啃的骨头。在网上搜了