snATAC-seq 是基于转座酶的染色质可及性测序技术,利用转座酶可以随机转座到细胞核内染色质的开放区域,并加上接头,扩增建库,获得整个基因组内染色质开放区域的DNA序列;通过分析染色质开放区域的 Motif 可以获得潜在的活跃转录因子、抑制子及其相关基因。 该试剂盒适配单细胞ATAC序列捕获、文库制备、高通量测序技术等应用...
单细胞 ATAC 表观组试剂盒,单细胞 ATAC表观组试剂盒,是首个可进行混样测序的 scATAC-seq 商业化试剂盒,将帮助科学家们洞察基因调控的奥秘。产品优势:【成本低】•可使用超高通量测序系统,如 NovaSeq 6000,显著降低测序成本【自由度高
Cell Ranger ATAC (v1.2)是一套处理单细胞ATAC数据的分析管道,支持 Chromium Single Cell ATAC v1 试剂盒构建的文库。 该软件主要包括四个功能组件: (1)cellranger-atac mkfastq将Illumina®sequencers生成的raw base call (BCL)文件拆分到...
然后使用10x Genomics Chromium 平台对标记的细胞核进行条形码标记,使用 v.1 (rep1) 和 v.1.1 (rep2) 10x Genomics scATAC–seq 试剂盒在两个技术重复中针对 H3K27me3 组蛋白修饰进行 scCUT&Tag优化,具体可以参考文章中的方法。最终获得了4,872和3,873个单细胞的H3K27me3 谱,每个细胞分别具有597和568个...
1、自主研发细胞核分离试剂盒 对单细胞 ATAC-seq 来说,必不可少的一步就是细胞提核。博奥生物旗下博奥晶典为了提高提核质量,精益求精,开发了自有的提核试剂盒。提核试剂盒适用于人或其他哺乳动物的多种新鲜及冻存组织样本,操作简单方便,...
伯豪生物提供snRNA-seq及snATAC-seq服务,且现有商业化细胞核分离试剂盒在售,该款试剂盒适用于绝大多数的临床组织样本及动物模型样本。详情咨询:17702139967(微信同号)本产品适用于人或动物新鲜及冻存组织样本的细胞核分离提取。通过裂解细胞膜,释放细胞核的同时保持细胞核膜的稳定,经密度梯度离心去除裂解后的组织碎片和...
3.8 与RNA-seq联合分析 PRO<-rds DefaultAssay(PRO) <- "RNA" PRO <- NormalizeData(object = PRO) #数据均一化,由于在测序过程中存在测序偏好性的问题,可能每个细胞的测序并不完全一致,所以Seraut对其进行均一化,默认的方法是log1p,即每个基因测得的数目除以该细胞的总的reads数目然后乘以10000,然后加1后取...
与单细胞RNA(scRNA-seq)相比，scATAC-seq数据由于其高维度和稀疏性而更具计算分析挑战性。主要体现在标准化和降维，这两大步骤跟单细胞转录组分析所用的统计学原理完全不同，以下为归纳总结的具体内容，如下表所示：备注：TF-IDF & LSI都是自然语言常用的统计学方法。获得peak matrix后，跟基因类似，...
较差的ATAC-seq实验通常会有较低的TSS浓缩分数。Signac软件可以用TSSEnrichment()函数为每个细胞计算TSS enrichment score,而ArchR包也是利用类似的原理createArrowFiles()函数在读取基础数据时就为每个细胞计算了该指标。 备注:fragments 数目&TSS enrichment score的阈值不仅与所用软件具体的计算公式有关(不同的软件具体...
表观生物专注于医学表观遗传学领域,针对染色质高级结构、merip-seq,ric-seq,rip-seq,chip-seq,atac-seq、组蛋白修饰、表观转录组、RNA结合蛋白、非编码RNA、超级增强子、外泌体、翻译组ribo-seq等研究领域提供优质的技术服务。