该研究聚焦于单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)数据归一化和批量 RNA 测序细胞反卷积中常被忽视的转录组大小差异问题,开发了 ReDeconv 算法,为相关研究提供了新的标准和方法,对推动生物医学研究进展具有重要意义。 一、研究背景 在生物医学研究领域,深入了解组织内细胞组成对于揭示疾病发生发展机制至关重要。单细胞 RNA 测...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群,但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。本研究结合了基于微阵列的空间转录组(ST)方法,利用一系列spots揭示基因表达的空间模式。开发了Multimodal intersection analysis (MIA)多模式交叉分析,对原发性胰腺肿瘤应用发现导管细胞、巨噬细胞、树突状细胞和癌细胞的亚群...
| 单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq),也称为单细胞 RNA 测序,是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新的颠覆性技术,是研究单个细胞内基因表达的强有力的工具,可以解决在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,让解 析单个细胞的行为、机制及其...
第十一节课:多个样本整合的单细胞数据分析 包括锚定和harmony两种主流的单细胞数据整合算法,同时讲解多线程运算原理和实操。 第十二节课:单细胞差异分析 metadata理解 分组添加 可视化画图 热图 气泡图 第十三节课:以nature文章为例系统a...
: 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 能够系统地鉴定组织中的细胞群,但表征其空间组织仍然具有挑战性。我们结合了一种基于微阵列的空间转录组学方法,该方法使用一系列斑点揭示基因表达的空间模式,每个斑点捕获多个相邻细胞的转录组,与从同一样本生成的scRNA-Seq。为了注释不同组织区域的精确细胞组成,我们介绍了一种多模态交...
本项目利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组分析,绘制了异位子宫内膜、病变和EMJ的转录改变。在病变中,发现了独特的上皮(LGR5+)和侵袭性基质(PKIB+)亚群,以及WFDC1+祖细胞,支持“内陷”和“化生”发病理论之间复杂的相互作用。此外,还观察到内皮细胞的异质性和异常的血管生成信号,涉及血管内皮生长因子和血管...
scRNA-seq data通常受到RAN测序过程中各种因素的影响,这常常导致同一种细胞类型的转录组大小 (细胞的总RNA原始表达计数 - total raw count of RNAs in each cell) 在不同的样本或标本中的存在显著差异。在基因级别上,这些因素常常导致同一细胞类型的基因表达在不同样本中有显著变化。例如,细胞类型AS (astrocytes)...
该篇文献作者通过单细胞转录组测序和单细胞核转录组测序的数据比较,系统的评估了高通量单细胞和单细胞核RNA-seq的差异,文献展示了人体诱导多能干细胞(iPS细胞)分化成心肌细胞的时程中所有细胞和细胞核的转录组图谱。通过对Drop-seq和DroNc-seq的不同时间点转录组数据的聚类发现了六个不同的细胞类型,其中五个在这...
在香港会场,华大智造面向全球推出一款由αLab孕育孵化的AI大模型产品αLabStudio智能实验室管理平台。在深圳会场,华大智造重磅推出升级版时空转录组FF产品方案(freshfrozen冷冻样本)Stereo-seqv1.3和DNBelabC系列高通量单细胞5'RNA&V(D)J建库试剂盒,以及SEQALL全领域应用组合产品,包括即将上市PopOmics大人群多组学组合...
二个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:...