进一步通过scRNA-Seq分析12例GBM患者样本,使用UMAP划分细胞簇(图3A)。通过CNV分析(图3B、C)揭示了肿瘤细胞表现出7号染色体增加和10号染色体丢失,并且肿瘤相关基质细胞中没有染色体畸变,计算这些cluster中单个细胞的CAF评分(图3C),结果表明12名患者GBM中的每一个都存在CAF(图3C),并且不表达巨噬细胞、少突胶质细胞、T...
图1 SAH后不同时间序列mLVs变化的单细胞转录组图谱 为了全面阐明SAH后mLVs的细胞组成变化,作者对不同组(Sham组,SAH 24 h组,SAH 72 h组,每组10只小鼠)的小鼠进行了scRNA-seq(10× Genomics)(图1A)。在原始scRNA-seq数据和相邻的序列分析中排除受损或死亡细胞和假定的细胞双链后,共保留30只小鼠的25 536个细胞...
我们首先利用结合scRNA-seq数据的空间转录组学技术展示了子宫腺肌症的整体景观。在腺肌病变中,上皮细胞被基质细胞包围,与异位子宫内膜相比,异位病变表现出STEAP4+血管周围细胞(PV STEAP4)的富集,这表明血管生成微环境可能有助于子宫腺肌症的进展(图2A)。然后,将上皮细胞分为纤毛细胞亚组和非纤毛细胞亚组(图2B)...
腺肌症上皮细胞特异性基因表达及特征亚群 作者首先通过结合scRNA-seq数据的空间转录组技术显示了子宫腺肌症的总体情况。在子宫腺肌症病变中,上皮细胞被基质细胞包围,与在位子宫内膜相比,异位病变表现出STEAP4+血管周细胞(PV STEAP4)的富集,这表明血管生成微环境可能有助于子宫腺肌症的进展(图2A)。 然后,将上皮细...
研究团队首先从397个深度测序的全转录组(total RNA-seq)样本中识别了超过2500万高度可信的环形RNA差异剪接事件。由于这些剪接事件覆盖了25个人体组织,使用它们作为训练集,使CIRI-deep具有良好的泛化性能。CIRI-deep在测试数据集上的AUROC值...
二个月从零基础开始,精细化讲解 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 >...
基于scRNA-seq和Bulk RNA-seq数据联合构建肝细胞癌预后模型及验证 研究结论: 本研究基于单细胞转录组测序数据和组织块转录组测序数据,通过生物信息学方法,识别出了6个肝细胞癌预后相关的基因,并构建了预后风险模型.经验证,该模型在... 戈琼 - 《南昌大学》 被引量: 0发表: 2024年 基于Bulk和单基因转录组测序揭...
肾脏的功能复杂性似乎与不同结构中的不同细胞类型有关。以前的研究对肾脏的不同组成部分进行了大量的RNA测序,不同片段的转录组结果。然而,这些结果只能反映整体的平均RNA表达,而不是单细胞水平,scRNA-seq分析技术可以填补这一空缺。 提高免疫的食品是如何提高免疫系统的?
我们首先利用结合scRNA-seq数据的空间转录组学技术展示了子宫腺肌症的整体景观。在腺肌病变中,上皮细胞被基质细胞包围,与异位子宫内膜相比,异位病变表现出STEAP4+血管周围细胞(PV STEAP4)的富集,这表明血管生成微环境可能有助于子宫腺肌症的进展(图2A)。然后,将上皮细胞分为纤毛细胞亚组和非纤毛细胞亚组(图2B)...
研究团队首先从397个深度测序的全转录组(total RNA-seq)样本中识别了超过2500万高度可信的环形RNA差异剪接事件。由于这些剪接事件覆盖了25个人体组织,使用它们作为训练集,使CIRI-deep具有良好的泛化性能。 CIRI-deep在测试数据集上的AUROC值达到了0.906,并且可以准确预测来自非训练集病理条件与正常样本间的环形RNA差异剪...