首先根据标记基因将生殖细胞发育分为7个阶段(精原干细胞SSCs,分化精原细胞,早期初级精母细胞,晚期初级精母细胞,精子圆细胞,延长型精子细胞和长形精子细胞)。然后分析了每个样本中各类生殖细胞亚型的占比,其中来自老年组的3个睾丸样本中,仍观察到中等数量的未分化SSCs,而进一步发育的生殖细胞类型高度减少,表明生殖细胞...
#准备输入数据Control.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/control/control_filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_1D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day1/filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_3D.data <- ...
现在,技术的发展使我们能够重新审视经典组织病理学所捕获的空间结构,并通过对细胞类型和细胞状态的分析来进行定量描述。 前期的研究通过解离组织进行scRNA-seq已经定义了不同类型的胶质母细胞瘤(GBM)恶性细胞及不同的免疫细胞亚型,例如4种恶性细胞类型:neural progenitor-like (NPC),oligodendrocyte progenitor-like (OPC)...
首先根据标记基因将生殖细胞发育分为7个阶段(精原干细胞SSCs,分化精原细胞,早期初级精母细胞,晚期初级精母细胞,精子圆细胞,延长型精子细胞和长形精子细胞)。然后分析了每个样本中各类生殖细胞亚型的占比,其中来自老年组的3个睾丸样本中,仍观察到中等数量的未分化SSCs,而进一步发育的生殖细胞类型高度减少,表明生殖细胞...
单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day3/filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_5D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day5/Day5_post-MI_filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_7D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4....
单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day3/filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_5D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day5/Day5_post-MI_filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_7D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4....
对13个GBM和6个IDH突变胶质瘤的组织切片进行10X Visium空间转录组分析。对12个相邻的GBM组织切片进行了40个抗体检测的PCF空间单细胞蛋白组分析。其中4个GBM样本中,获取了同一肿瘤内3种不同的组织块进行分析。并且此项研究的GBM Visium队列数据与外部的13个GBM Visium队列数据进行了合并分析(图1)。
1.样本及数据信息 作者收集了八名老年(>60岁)和四名年轻(17-22岁)的男性的睾丸组织进行10x单细胞转录组测序。,在组织学上,所有年轻的睾丸都观察到成熟精子的发生,然而老年组有三个睾丸样本发现了明显的生精受损。12个样本scRNA-seq共有44,657个细胞(年轻的13,156个细胞,老年的31,501个细胞)通过了质量控制并...
单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day3/filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_5D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4.心肌梗死_空转_单细胞/GSE163129_scRNA/Day5/Day5_post-MI_filtered_feature_bc_matrix.h5")MI_7D.data <- Read10X_h5("0.单细胞数据集处理/4....
对13个GBM和6个IDH突变胶质瘤的组织切片进行10X Visium空间转录组分析。对12个相邻的GBM组织切片进行了40个抗体检测的PCF空间单细胞蛋白组分析。其中4个GBM样本中,获取了同一肿瘤内3种不同的组织块进行分析。并且此项研究的GBM Visium队列数据与外部的13个GBM Visium队列数据进行了合并分析(图1)。