单细胞ChIP-seq的应用 尽管商业化的单细胞ChIP-seq技术近期才发布,但是单细胞ChIP-seq技术已在几个领域发光发热(比如肿瘤耐药性、细胞发育以及衰老)。2019年一篇发表在期刊Nature genetics的研究利用单细胞ChIP-seq在乳腺癌获得性化疗耐药和靶向治疗的患者来源的异种移植模型[5],发现未经治疗的药物敏感肿瘤中的一部分细...
但总体来说,以上三种方法都需要用到孔板或微孔板,需要通过繁重的体力劳动才能以实现单细胞的分辨率,这对单细胞ChIP-seq的大规模应用来说仍然是一道障碍。 墨卓单细胞ChIP-seq在路上 想实现高通量、自动化的单细胞ChIP-seq,那就意味着在单个细胞的标记、核小体的DNA扩增、稳定的反应体系、优秀的信噪比等多个方面有...
单细胞ChIP-seq技术可以从单细胞层面上让我们解析,为何不同细胞中基因的表达会出现差异,产生差异的上游调控机制是如何形成的等表观遗传学难题。自2015年首次被提出以来,得到快速发展,钟鼎生物引入商业化的平台,能够在6min内产生成千上万个单细胞的液滴,是一套全新的单细胞ChIP-seq解决方案。 技术原理 1.添加一抗...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。 总结: 该方法是一篇关于单细胞ChIP实验的文章,讲述了从原位ChIP,及其衍生出的单细胞ChIP技...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水平的ChIP-seq技术需要使用超声/酶切打断交联的基因组片段,然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段,...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程!
之前翻译了一篇单细胞ChIP文章单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH) 看到有这个图,大概意思 :将H3K27ac 位点及其细胞分别进行了层次聚类,使用HOMER进行每个enhancer module de nove TF, 使用GREAT进行GO富集分析。使用二项分布进行P-Value。 image.png 以为就是行是很多peak 位置,列是不同细胞的count matrix聚类热图,用pheat...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...
染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要技术手段,可以在全基因组范围内捕获DNA-蛋白质的相互作用。但受限于实验原理和仪器设备,ChIP-seq技术在单细胞水平的研究和应用一直进展缓慢,目前还缺乏一种具有普适性、易操作、高质量的单细胞ChIP-seq技术。为解决这一技术难题,该研究组采用不同的实验策略,...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...