诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
组蛋白是一个小的带正电的蛋白质家族,被称为H1, H2A, H2B, H3和H4 (Van Holde, 1988)。DNA是带负电荷的,因为它的磷酸糖主干上有磷酸基团,所以组蛋白与DNA结合非常紧密。 核小体的结构如下:两个组蛋白H2A、H2B、H3和H4聚在一起形成一个组蛋白八聚体,它结合和包裹大约1.7圈的DNA,或约146个碱基对。一个...
由于组蛋白修饰的类型众多,因此在描述组蛋白修饰时一般按照“组蛋白名称 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型”的规则进行描述,例如:H3K4me1和H3K27ac,其具体的含义在前面的文章中已经介绍过了,这里就不再解释了。 下面我们以组蛋白乙酰化和甲基化为例,浅谈一下ChIP-seq技术在这方面的应用,通过上面的介绍,大...
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。不同的测序平台可能没有可比性。如HiSeq2000与HiSeq4000的重复不同,没有可比性。
ChIP 用来在空间上和时间上不同蛋白沿基因或基因组定位 转录因子和辅因子结合作用 复制因子和 DNA 修复蛋白 组蛋白修饰和变异组蛋白 技术优势: 物种范围广:细胞、动物组织、植物组织、细菌微生物多物种富集经验; 微量建库:只需5ng以上免疫沉淀后的DNA,即可展开测序分析; ...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质分割模型的input...
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。不同的测序平台可能没有可比性。如HiSeq2000与HiSeq4000的重复不同,没有可比性。
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; ...