组蛋白ChIP-seq研究有2种思路:组蛋白修饰功能未知,根据ChIP-seq识别的序列信息,来推测这种修饰的功能;组蛋白修饰功能已知,利用ChIP-seq识别这种组蛋白修饰标记的特定基因和区域,进一步研究这些基因或区域的功能。另外,组蛋白修饰并不是单独发挥作用影响基因的表达,所以大部分组蛋白ChIP-seq会联合多种组学技术,从多个方向...
利用抗原抗体特异性反应,加入特异性抗体与染色体上目标蛋白结合,加入二抗与该抗体结合以募集更多的pA-Tn5转座酶复合物至目标蛋白与DNA序列的结合位点上,转座酶复合物切割该染色质开放位点,并在切割后的DNA片段两端加入接头,文库构建完成,可直接进行后续测序,与已有基因组序列比对,即可知道目标蛋白与DNA的结合位点。 (2)...
诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
图1 组蛋白结构。常见的组蛋白修饰包括甲基化、乙酰化、磷酸化、泛素化等，图2展示了各个组蛋白中的修饰情况(Huang et al., 2014)。组蛋白发生修饰后会使染色质的构象等发生变化，从而影响了DNA与组蛋白之间的相互作用，进而调控基因的转录表达。图2 组蛋白修饰(Huang et al., 2014)。由于组蛋白修饰的类型众多...
ChIP-Seq 分析结合染色质免疫沉淀 (ChIP) 测定和下一代测序 (Seq) 来识别整个基因组中转录因子和其他蛋白质的 DNA 结合位点。 该技术为研究人员提供了对健康状态和各种疾病中发生的基因调控事件的深入了解。 组蛋白 组蛋白是小而简单的蛋白质,通常存在于细胞核中,将 DNA 链组织成核小体。这些核小体中发生的任...
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。 结合高通量的新一代测序技术,通过对染色质免疫共沉淀(ChIP)富集得到的DNA片断进行大规模测序,研究...
转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。 (2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信...
将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...