该研究使用RNA-seq与ChIP-seq靶向与活性转录增强子相关的组蛋白修饰,从多达26名健康对照、18名特发性扩张型心肌病(DCM)患者和5名胎儿心脏的左心室组生成全基因组增强子图谱。 为了进一步评估DCM中差异活性增强子和差异表达基因之间的调节关系,作者检查了RNA-seq与ChIP-seq数据之间的相关性。以SMOC2基因为例,在其启动...
染色质免疫沉淀测序 (ChIP-Seq)是一种强大的工具,使研究人员能够研究和了解蛋白质-DNA 相互作用以及它们对基因表达和细胞功能的影响。 ChIP-Seq 分析结合染色质免疫沉淀 (ChIP) 测定和下一代测序 (Seq) 来识别整个基因组中转录因子和其他蛋白质的 DNA 结合位点。 该技术为研究人员提供了对健康状态和各种疾病中发...
近年来,根据着丝粒存在特异组蛋白CENH3的特点,研究者建立了基于CENH3抗体的ChIP-seq的着丝粒分离分析方法,使得分离不同物种着丝粒DNA得以实现,并极大推动了着丝粒研究的深入开展。 在获得着丝粒ChIP-seq数据后,通过与基因组序列比对筛选,获得在基因组上具有单一拷贝的数据,并将其锚定到对应物种的基因组上,即可获得ChIP-...
高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3)的组蛋白甲基化图谱。分析结果表明,在高温处理的棉花...
ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了1w+个来自不同组织或细胞系的各类实验数据标准。以表观组学研究中的ChIP-seq为例,ENCODE Consortium使用不同的表观基因组分析,并制定对应的分析方案和指南,具有绝对的权威和参考意义。
图2:没有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长; 分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。 可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。 不同的测序平台...
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。
诺禾ChIP-seq可稳定获得全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,分析组蛋白修饰及表观遗传修饰的信息。 2. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行ChIP-seq分析,助力 客户在Cell、Nucleic Acids Research、Nature Communications、Cancer Res...
ChIP-seq分析、整合桃花芽的组蛋白标记富集和基因表达结果 组蛋白修饰在维持真核生物基因组稳定性、基因表达调控和染色质结构等方面发挥重要作用,组蛋白ChIP-seq的研究对于解析转录调控相关的表观机制具有重要价值。本期分享了组蛋白修饰的背景知识、组蛋白ChIP-seq多组学研究思路及其在医学、植物方向的应用案例。下期我们...