诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
染色质免疫沉淀测序 (ChIP-Seq)是一种强大的工具,使研究人员能够研究和了解蛋白质-DNA 相互作用以及它们对基因表达和细胞功能的影响。 ChIP-Seq 分析结合染色质免疫沉淀 (ChIP) 测定和下一代测序 (Seq) 来识别整个基因组中转录因子和其他蛋白质的 DNA 结合位点。 该技术为研究人员提供了对健康状态和各种疾病中发...
该研究使用RNA-seq与ChIP-seq靶向与活性转录增强子相关的组蛋白修饰,从多达26名健康对照、18名特发性扩张型心肌病(DCM)患者和5名胎儿心脏的左心室组生成全基因组增强子图谱。 为了进一步评估DCM中差异活性增强子和差异表达基因之间的调节关系,作者检查了RNA-seq与ChIP-seq数据之间的相关性。以SMOC2基因为例,在其启动...
图2:没有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。
1、 关于组蛋白、甲基化、转录因子、结合位点和CHIP-Seq1)染色质:真核细胞分裂间期的细胞核内的一种物质,这种物质的基本化学成分为脱氧核糖核酸核蛋白(核蛋白就是由DNA或RNA与蛋白质形成的复合体),主要由DNA和组蛋白构成,也含有少量的非组蛋白和RNA。由于它可以被碱性的染料染色,所以称为染色质。在细胞的有丝...
图2:没有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。
表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长; 分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。 可以配对或单端测序。 应注明使用的测序平台。 不同的测序平台...
图2:没有生物学重复实验的组蛋白ChIP-seq分析流程 表1:组蛋白ChIP-seq分析流程的inputs 表2:组蛋白ChIP-seq分析流程的outputs (3)流程指南 读长应至少为50个碱基对,鼓励更长的读长;分析流程可以处理低至25个碱基对的读长。可以配对或单端测序。