但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
染色质免疫沉淀测序 (ChIP-Seq)是一种强大的工具,使研究人员能够研究和了解蛋白质-DNA 相互作用以及它们对基因表达和细胞功能的影响。 ChIP-Seq 分析结合染色质免疫沉淀 (ChIP) 测定和下一代测序 (Seq) 来识别整个基因组中转录因子和其他蛋白质的 DNA 结合位点。 该技术为研究人员提供了对健康状态和各种疾病中发...
ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-seq的pipeline适用于与较长区域或结构域上的DNA相关蛋...
突破传统:H3K4me3 ChIP-seq技术在表观遗传学中的应用/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/ 11 -- 0:26 App 基因组研究的平民化:DAP-seq技术的普及/DNA亲和纯化测序/组蛋白甲基化/特异性抗体/互作组/表观组/甲基化检测/赖氨酸甲基/高通量测序/转基因 62 -- 0...
由于常规染色质免疫沉淀(ChIP)实验需要的细胞量较多,植物雄性减数分裂细胞的染色质分析尚未完全阐明,导致染色质修饰影响减数分裂基因表达机制仍不清楚。本研究采用的微量细胞ChIP-seq技术(LCNChIP-seq),利用约10000个减数分裂前期Ⅰ的水稻花粉母细胞,绘制了全基因组H3K4me3和H3K27me3的组蛋白修饰图谱,两个标记各设置2...
SUPERmerge是一种ChIP-seq读取堆积分析和注释算法,用于以单个碱基对的分辨率水平研究具有较宽染色质域的弥散组蛋白修饰ChIP-seq数据集的比对(BAM)文件。 SUPERmerge允许灵活调节各种读取堆积参数,从而揭示读取岛如何聚集到整个基因组的覆盖区域,以及它们在单个生物复制物中映射到的注释特征。 SUPERmerge对于研究低样本量...
蛋白质-DNA相互作用的全基因组映射在基因调控研究中必不可少。一份表观遗传标记和转录因子结合的详细图谱是推断调控网络和巩固各种生物系统基因表达的关键。研究这些相互作用时,ChIP和大规模平行测序(ChIP-seq)是最广泛的使用工具。 新应用笔记详述了Chromatrap® ChIP-seq试剂盒与Illumina公司ChIP-seq文库制备...
结合DNase-seq和ChIP-seq数据分析,发现激活型组蛋白修饰主要分布在DSB位点两侧,其富集程度与染色质状态有关;同样的,H2A.X核小体磷酸化修饰(γ-H2A.X)的分布模式... 潘秀才 被引量: 0发表: 0年 转录因子和组蛋白修饰的分布特征 转录因子的结合与组蛋白修饰对于基因表达的精确调控是至关重要的.基于染色质免疫...
方法实验采用染色质免疫沉淀-高通量测序(ChIP-seq)分析膜性肾病患者外周血单个核细胞(PBMCs)的组蛋白H3K9三甲基化状态的改变.结果与健康对照组相比,膜性肾病H3K9me3有108个差异表达基因,其中75个上调,33个表达下调.挑选5个差异最大的基因,DGCR6,SNX16,CNTN4,BIRC3和BIRC2进行讨论.结论研究结果表明膜性肾病患者...
在前期研究中,李兴旺课题组建立了植物高效eChIP-seq技术 (Zhao et al., 2020, Nat Commun),并通过分离高质量的细胞核,在水稻和油菜等作物中建立了细胞核CUT&Tag (nCUT&Tag)技术,可以快速高效分析植物组蛋白修饰特征(Ouyang et al., 2021, Front Plant Sci)。在本研究中,作者进一步将nCUT&Tag技术与基于微流...