基于单细胞ChIP-seq,可了解耐药性产生的基因调控机制。 发育研究 个体发育过程中转录因子与那些特定DNA靶序列的结合决定了细胞分化的命运,单细胞ChIP-seq能够精确测定转录因子结合位点在体内的全基因组分布,从而了解不同细胞分化过程中是如何选择性进行调控的。 衰老研究研究者发现,个体衰老并非源自基因表达的减少,表观遗
单细胞ChIP-seq的应用 尽管商业化的单细胞ChIP-seq技术近期才发布,但是单细胞ChIP-seq技术已在几个领域发光发热(比如肿瘤耐药性、细胞发育以及衰老)。2019年一篇发表在期刊Nature genetics的研究利用单细胞ChIP-seq在乳腺癌获得性化疗耐药和靶向治疗的患者来源的异种移植模型[5],发现未经治疗的药物敏感肿瘤中的一部分细...
单细胞ChIP-seq技术可以从单细胞层面上让我们解析,为何不同细胞中基因的表达会出现差异,产生差异的上游调控机制是如何形成的等表观遗传学难题。自2015年首次被提出以来,得到快速发展,钟鼎生物引入商业化的平台,能够在6min内产生成千上万个单细胞的液滴,是一套全新的单细胞ChIP-seq解决方案。 技术原理 1.添加一抗...
本研究通过简化基因组甲基化测序(RRBS)和对应的转录组测序(RNA-seq)分析发现IDH1-R132H突变会使得NDUFA1启动子区甲基化增加,导致其表达下调,抑制了NDUFA1和FSP1之间的相互作用,从而影响FSP1在线粒体中的定位及其将泛醌还原为泛醇的能力,线粒体ROS和脂质过氧化物的积累,进而加剧顺铂诱导的肾小管上皮细胞氧化损伤...
两个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:毕业于中山...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水平的ChIP-seq技术需要使用超声/酶切打断交联的基因组片段,然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段,...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...
4.一种单细胞ChIP‑seq文库制备方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: 步骤一、Tn5转座元件组装,合成一段同时带有Tn5寡核苷酸、细胞身份标签和测序引物 接头的DNA片段,与Tn5转座酶组装,即形成Tn5转座子; 步骤二、细胞经过甲醛固定后,用流式细胞仪分配单细胞到96孔板中,利用步骤一获得 的Tn5转座子,对每个细胞...
1、利用单细胞ChIP-seq解析肿瘤耐药机制 化疗和靶向治疗的耐药性的出现是癌症治疗的一个主要挑战,单细胞RNA-seq将细胞分为7类细胞亚群,发现非耐药细胞中有一个细胞亚群具有耐药潜能。单细胞ChIP-seq揭示H3K27me3的缺失导致耐药性基因的激活并找出了耐药性肿瘤细胞的发育进程。
染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要技术手段,可以在全基因组范围内捕获DNA-蛋白质的相互作用。但受限于实验原理和仪器设备,ChIP-seq技术在单细胞水平的研究和应用一直进展缓慢,目前还缺乏一种具有普适性、易操作、高质量的单细胞ChIP-seq技术。为解决这一技术难题,该研究组采用不同的实验策略,...