尽管商业化的单细胞ChIP-seq技术近期才发布,但是单细胞ChIP-seq技术已在几个领域发光发热(比如肿瘤耐药性、细胞发育以及衰老)。2019年一篇发表在期刊Nature genetics的研究利用单细胞ChIP-seq在乳腺癌获得性化疗耐药和靶向治疗的患者来源的异种移植模型[5],发现未经治疗的药物敏感肿瘤中的一部分细胞与耐药细胞具有共同的...
墨卓单细胞ChIP-seq在路上 想实现高通量、自动化的单细胞ChIP-seq,那就意味着在单个细胞的标记、核小体的DNA扩增、稳定的反应体系、优秀的信噪比等多个方面有所突破,需要丰富深厚的技术积淀和百折不挠的技术攻关。 墨卓自主开发的单细胞ChIP-seq 已突破以上难点: 通过微流控液滴法,实现了超高捕获,细胞捕获率相比...
单细胞ChIP-seq技术可以从单细胞层面上让我们解析,为何不同细胞中基因的表达会出现差异,产生差异的上游调控机制是如何形成的等表观遗传学难题。自2015年首次被提出以来,得到快速发展,钟鼎生物引入商业化的平台,能够在6min内产生成千上万个单细胞的液滴,是一套全新的单细胞ChIP-seq解决方案。 技术原理 1.添加一抗...
known to accumulate in narrow peaks around TSSs, spanning the genome, to generate an n X m coverage matrix with n barcodes and m genomic bins. 如果你没有单细胞转录组认知,需要先看看基础10讲: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因(数据质控很重要) 04....
尽管商业化的单细胞ChIP-seq技术近期才发布,但是单细胞ChIP-seq技术已在几个领域发光发热(比如肿瘤耐药性、细胞发育以及衰老)。 2019年一篇发表在期刊Nature genetics的研究利用单细胞ChIP-seq在乳腺癌获得性化疗耐药和靶向治疗的患者来源的异种移植模型[5],发现未经治疗的药物敏感肿瘤中的一部分细胞与耐药细胞具有共同的...
文献翻译:CoBATCH 一个基于单细胞的ChIP-seq技术 image.png > SUMMARY 缺乏一种有效的,可推广的全基因组方法单细胞组蛋白修饰或染色质结合蛋白的定位方法。在这里,我们开发CoBATCH,组合条形码和目标染色质剪切,用于捕获单细胞全基因组的蛋白结合区域. 融合到Tn5转座酶的ProteinA通过特异性抗体富集到基因组区域,Tn...
ChIP-seq方法可以为我们揭示细胞的表观组信息,但是这个方法有一些缺点,比如信号低,背景噪音高,细胞所需的起始量较高等……为了解决这些问题,单细胞ChIP-seq方法应运而生。接下来,我将比较最近的两个单细胞ChIP-seq方法。 CUT&Tag方法 这篇文章于今年4月份由Henikoff实验室发表,以下简称为CUT&Tag方法 ...
新技术引领生命科学的发展,该课题组不仅开发了适合高通量样品的单细胞ChIP-seq技术——CoBATCH,也开发出单细胞itChIP技术用于捕获起始量只有几十个单细胞的样品,这为研究稀少细胞样品例如植入前胚胎等的表观调控异质性提供了新的技术方法。这两种单细胞ChIP-seq将为解决细胞命运决定等最本质的发育生物学问题以及解析复杂...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...
为理解器官功能特异的内皮细胞发育提供了重要线索。简而言之， CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法，该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持，并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。