在实际模拟中，一个系统可能包含几千到几十万个原子，同时可能需要模拟几十万步或者更多，所以我们需要用专门的可进行并行计算的仿真软件对系统进行模拟。分子动力学模拟 最常用的分子动力学仿真软件为LAMMPS，即为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator的缩写。LAMMPS为美国Sandia国家实验室所开发的开...
5.3 扩散或分离过程模拟的in文件 5.4 数据后处理及分析 5.5 常见问题及解决方案 六、基于反应力场的聚合物热裂解及LAMMPS分子动力学模拟常见错误解析 6.1 反应力场简介 6.2 聚合物热裂解模拟in文件及力场参数设置 6.3 输出结果解析 6.4 LAMMPS分子动力学模拟常见错误及解决途径 七、基于拟合力场的气体扩散过程模拟 7.1 ...
LAMMPS免费一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。MaterialsExplorer立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及MonteCarlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。MaterialsExplorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子...
4) LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 5) CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics) 这些软件包使用不同的模拟算法: 分子力场模拟 经典动力学模拟 量子力学/分子力学模拟… 在计算方面,分子动力学模拟通常可以在CPU或GPU上运行,具体取决于软件和计算资源的可用性。以下...
LAMMPS分子动力学软件入门-文件转存图形输出 LAMMPS 中的图形输出可以在各个时间步骤中使用“dump”命令保存。通过 LAMMPS 输入脚本生成转储文件后,可以将该文件导入到 OVITO 和 VMD 等其他软件中可视化分子动力学模 - 科研小然于20240118发布在抖音,已经收获了521个喜欢
LAMMPS是一个广泛使用的分子动力学模拟软件,可以用于模拟各种材料的结构和性质,如金属、聚合物、纳米颗粒等。它具有高度可扩展性和灵活性,可以进行并行计算和自定义代码开发。缺点是需要一定的编程知识来使用和定制。 GROMACS: GROMACS是另一个广泛使用的分子动力学模拟软件,主要用于生物分子的模拟,如蛋白质、核酸等。它...
这篇文章主要介绍了分子动力学模拟后处理软件LAMMPS的功能，它提供了一系列强大的数据分析工具。软件的核心特性包括结构因子计算、演变和分布，以及配对相关函数的计算，如普通配对、平面配对和特定类型或群体的配对。此外，它还能分析氢键键合、生成单帧原子分布图、计算Warren-Cowley CSRO参数，以及对选定原子...
11.创建分子动力学模拟lammps数据文件 在 OVITO 软件中,用户可以使用“导出文件”功能创建用于分子动力学模拟的 LAMMPS 数据文件。生成的 LAMMPS 数据文件将包含运行分子动力学模拟所需的所有信息,包括原子坐标、元素类型 - 科研小然于20240109发布在抖音,已经收获了459
LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是广泛使用的分子动力学仿真软件，由美国Sandia国家实验室开发，功能强大但需要用户根据需要定制或修改。LAMMPS模拟流程涉及结构文件（包含原子位置和速度）和作用势函数的输入，以及对温度、压力等系统状态的控制。关键在于求解牛顿运动方程，...
1.非平衡分子动力学模拟 非平衡分子动力学(NEMD)模拟是指在模拟过程中施加外部驱动力,使得系统从平衡状态逐渐偏离,从而研究材料在非平衡条件下的性质。NEMD广泛应用于研究材料的输运性质,如热导率、电导率、粘度等。 1.1热导率的计算 热导率是材料的一个重要物理性质,它描述了材料传导热量的能力。在LAMMPS中,可以...