在实际模拟中，一个系统可能包含几千到几十万个原子，同时可能需要模拟几十万步或者更多，所以我们需要用专门的可进行并行计算的仿真软件对系统进行模拟。分子动力学模拟 最常用的分子动力学仿真软件为LAMMPS，即为Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator的缩写。LAMMPS为美国Sandia国家实验室所开发的开...
LAMMPS免费一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。MaterialsExplorer立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及MonteCarlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。MaterialsExplorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子...
记录一下检索到一篇分子动力学模拟数据后处理的软件。 感谢论文的原作者! 文章题目: MDSuite: comprehensive post‑processing tool for particle simulations 文章链接: https://doi.org/10.1186/s13321-023-00687-y 附件下载: https://github.com/zincware/MDSuite 学习网址: https://mdsuite.readthedocs.io/en...
LAMMPS是一个广泛使用的分子动力学模拟软件,可以用于模拟各种材料的结构和性质,如金属、聚合物、纳米颗粒等。它具有高度可扩展性和灵活性,可以进行并行计算和自定义代码开发。缺点是需要一定的编程知识来使用和定制。 GROMACS: GROMACS是另一个广泛使用的分子动力学模拟软件,主要用于生物分子的模拟,如蛋白质、核酸等。它...
LAMMPS分子动力学软件入门-文件转存图形输出 LAMMPS 中的图形输出可以在各个时间步骤中使用“dump”命令保存。通过 LAMMPS 输入脚本生成转储文件后,可以将该文件导入到 OVITO 和 VMD 等其他软件中可视化分子动力学模 - 科研小然于20240118发布在抖音,已经收获了521个喜欢
这篇文章主要介绍了分子动力学模拟后处理软件LAMMPS的功能，它提供了一系列强大的数据分析工具。软件的核心特性包括结构因子计算、演变和分布，以及配对相关函数的计算，如普通配对、平面配对和特定类型或群体的配对。此外，它还能分析氢键键合、生成单帧原子分布图、计算Warren-Cowley CSRO参数，以及对选定原子...
LAMMPS，即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是广泛使用的分子动力学仿真软件，由美国Sandia国家实验室开发，功能强大但需要用户根据需要定制或修改。LAMMPS模拟流程涉及结构文件（包含原子位置和速度）和作用势函数的输入，以及对温度、压力等系统状态的控制。关键在于求解牛顿运动方程，...
14.LAMMPS分子动力学入门-写入data文件 LAMMPS软件中的“write_datafile”命令用于将分子动力学模拟的配置输出到数据文件。数据文件包含有关模拟框、原子类型、质量和坐标的信息,可用作后续模拟或分析的输入。#分子动力 - 科研小然于20240115发布在抖音,已经收获了513个喜
基于LAMMPS的单晶材料分子动力学模拟批处理软件是由北京工业大学著作的软件著作,该软件著作登记号为:2022SR0129327,属于分类,想要查询更多关于基于LAMMPS的单晶材料分子动力学模拟批处理软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
1.非平衡分子动力学模拟 非平衡分子动力学(NEMD)模拟是指在模拟过程中施加外部驱动力,使得系统从平衡状态逐渐偏离,从而研究材料在非平衡条件下的性质。NEMD广泛应用于研究材料的输运性质,如热导率、电导率、粘度等。 1.1热导率的计算 热导率是材料的一个重要物理性质,它描述了材料传导热量的能力。在LAMMPS中,可以...