以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构，结果输出为traj_aveg.pdb。此外，上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析，计算分子结构的均方根涨落，也可使用该命令获取某一时间段的平均结构，如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构：gmx rmsf -s md_0_...
使用:打开Ligplot软件,如果是复合物,需要限定作用的侧链,如果是蛋白内氨基酸之间作用力分析,需要写作用的两个domain的氨基酸序号,然后点击run即可。
MDAnalysis 是一个用于分析分子动力学(MD)模拟的 Python 库。它是面向对象的工具,使用户能够处理来自多种流行格式的 MD 模拟轨迹。有关 MDAnalysis 的更多详细信息和文档,您可以访问它们的官方网站MDAnalysis (https://www.mdanalysis.org/)和他们的文档页面(https://docs.mdanalysis.org/stable/index.html)。分子模...
对RMSD进行分析是分子动力学模拟中最常用的分析方法,可以用来衡量构象的差异程度,在蛋白-配体复合物的分子动力学模拟中,一般都会分析蛋白骨架和小分子配体的RMSD变化情况,RMSD也常常用来快速判断轨迹是否达到平衡,以便于决定是否需要延长模拟时间或进行其它的分析等。 执行RMSD分析的常用命令为: 数据结果记录在“rmsd.xvg...
6.氢键分析氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: 通过以上命令可输出hbond_ac.xvg、hbond_life.xvg、hbond_num.xvg文件。其中: ...
本文以前文(https://zhuanlan.zhihu.com/p/149862369)为基础,对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法。 1 MD 体系参数与周期性校正 主体模拟结束之后,需要检查其温度、体系密度等体系参数符合预设要求。 通过gmx energy命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据,然后利用此...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力...
以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内容为大家介绍了使用“gmx rmsf”进行RMSF分析,计算分子结构的均方根涨落,也可使用该命令获取某一时间段的平均结构,如输入以下命令获得分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构: ...
首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步。通常，模拟结束后，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性。执行以下命令即可校正周期性。接着，均方根偏差（RMSD）分析被广泛应用于分子动力学模拟，以评估构象差异程度。在蛋白-配体复合物的模拟中，分析蛋白骨架和小分子配体的RMSD变化...
hbond 命令抽提出氢键数量，增加参数计算氢键平均存在周期。利用 PLIP 分析氢键，提高分析深度。自由能形貌图：利用回旋半径和均方根误差计算自由能形貌图，表征复合物特征构象和蛋白质构象稳定性。构建自由能形貌图，展示自由能变化。本文涉及的脚本和工具将被重构和开源，以促进分子动力学模拟和结果分析。