计算分子动力学轨迹中蛋白质的均方根偏差(Root Mean Square Deviation, RMSD)是一种常用的分析方法,用于衡量蛋白质结构随时间的变化。在 MDAnalysis 中计算 RMSD 的基本步骤如下: 01 准备轨迹文件和拓扑结构文件 你需要一个拓扑结构文件(如 PDB 文件)和轨迹文件(如 XTC 或 DCD 文件)。