分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟是一种用于研究物质微观行为的方法,通过计算原子和分子在一段时间内的运动来获得它们的动态特性。其基本原理是通过牛顿运动定律,使用数值方法来模拟粒子(通常是原子或分子)在一段时间内的运动。以下是MD模拟的原理以及它与第一性原理(DFT)模拟的区别: 分子动力学模拟的基本原理...
计算资源:分子动力学模拟通常需要大量的计算资源,因为它们涉及大量的粒子和复杂的计算。 分子动力学模拟(Molecular Dynamics, MD)是一种计算方法,它通过数值求解牛顿运动方程来模拟原子和分子的运动,从而研究分子或分子体系的结构和性质。这种方法基于经典力学,可以提供原子层面的动态信息,包括分子的位置、速度和加速度随时...
MD是分子动力学模拟常见英文缩写 (Molecular Dynamics)。不同学科领域对分子动力学模拟缩写使用略有差异。准确运用分子动力学模拟缩写能提升科研工作效率。了解分子动力学模拟缩写利于快速理解相关文献。分子动力学模拟缩写规范制定有助于学术统一。一些新的分子动力学模拟缩写不断随着研究产生。 错误使用分子动力学模拟缩写...
(Molecular Dynamics, MD)模拟、量子化学计算、第一性原理分子动力学 (Ab Initio Molecular Dynamics, AIMD)、粗粒化模型 (Coarse-Grained Models)以及自由能计算等方法 (图 1)，其中应用较为广泛的是分子动力学方法和蒙特卡洛方法。与蒙特卡洛模拟相比，分子动力学模拟在多个方面展现出其独特的优势，尤其在处理分子...
分子动力学模拟(Molecular Dynamics, MD)是一种强大的计算方法,用于研究分子系统随时间的演化行为和性质。它的基本原理是利用经典力场,通过数值积分牛顿运动方程来描述分子系统中每个原子的运动。每个原子在每个时间步上的位置和速度,都是由作用在其上的力决定的,这些力来自于分子间的相互作用和外部条件。
一年后，Karplus M.首次使用分子动力学模拟（molecular dynamics, MD）从原子水平对蛋白质分子的动力学行为进行探究，并初步建立了蛋白质的分子力场（force field）和MD模拟程序。为解决实验无法精准测定生物大分子动态行为的难题指出了新的方向。为了奖励他们三人在发展复杂化学与生物学体系多尺度模拟方面所做的贡献，他们...
🔬 分子动力学模拟是什么?分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation,简称MD)是一种研究分子和原子在特定条件下的运动行为的方法。通过在一定的时间步长内数值解分子的牛顿运动方程,MD模拟可以模拟分子系统在不同的温度、压力和其他外部条件下的动态行为。🧩...
分子动力学(Molecular Dynamics,MD)是一种以牛顿力学为基础的计算模拟方法,用于研究原子或分子间的相互作用和运动。它以数值计算的方式模拟材料系统的运动和力学行为,从而可以对材料的性能和结构进行探究和预测。MD方法已成为现代计算材料科学领域的一项重要技术,广泛应用于材料科学、化学、生物学、地球科学和工程学等领域...
分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是分子模拟中最常用的方法之一。该方法基于分子力场,能够动态的描述分子的运动状况,继而描述生命的动态过程。分子动力学在生命科学领域中的应用非常广泛,如蛋白质折叠的机理研究、酶催化反应的机理研究、与功能相关蛋白质的运动研究、生物大分子大范围构象变化的研究等等。近几十年来,...