氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用，在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组，它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。分析氢键常用的命令为：gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg ...
对RMSD进行分析是分子动力学模拟中最常用的分析方法,可以用来衡量构象的差异程度,在蛋白-配体复合物的分子动力学模拟中,一般都会分析蛋白骨架和小分子配体的RMSD变化情况,RMSD也常常用来快速判断轨迹是否达到平衡,以便于决定是否需要延长模拟时间或进行其它的分析等。 执行RMSD分析的常用命令为: 数据结果记录在“rmsd.xvg...
首先，周期性校正是模拟结果分析中不可或缺的一步。通常，模拟结束后，分子可能跨越周期性边界，需要校正以确保模拟的准确性。执行以下命令即可校正周期性。接着，均方根偏差（RMSD）分析被广泛应用于分子动力学模拟，以评估构象差异程度。在蛋白-配体复合物的模拟中，分析蛋白骨架和小分子配体的RMSD变化情...
常用命令为: 通过以上命令,叠合的两个结构会写入至“fit.pdb”文件中。 5.分子动力学轨迹聚类聚类(Clustering)是按照某个特定标准(如距离)把一个数据集分割成不同的类或簇,使得同一个簇内的数据对象的相似性尽可能大,同时不在同一个簇中的数据对象的差异性也尽可能地大。 在分子动力学中,可以依据RMSD对轨迹...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmxhond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmx hbond -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -num hbond_num.xvg ...
GROMACS教程【01】分子动力学模拟结果分析常用命令(一)mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzkzNjIzMTU0Nw==&mid=2247532482&idx=1&sn=9d0f144021c4efc7f237b30e5b70136c&chksm=c2a3e8d6f5d461c01f483e9a05df690f81beff8320fa1b03bc47404dacbce338301cdde4187b&token=960872869 =zh_CN#rd ...
氢键在分子动力学中相互作用的分析中十分常用,在Gromacs中可通过“gmx hond”命令对氢键的数量、稳定性等进行分析。在氢键分析中需要指定两个不同的组,它们必须完全相同或者彼此之间无任何重叠。 分析氢键常用的命令为: gmxhbond-smd_0_10.tpr-fmd...
GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程,完成分子动力学之后,更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。 1.周期性校正
在分子动力学中,可以依据RMSD对轨迹进行聚类,把相似的构象聚集在一起,聚类的常用命令为: 其中: -b:指定从多少ps开始分析,一般情况下轨迹前期结构变化较大,可以从稳定后如1000 ps开始分析; -method:指定算法,默认为linkage,可以选jarvis-patrick、monte-carlo、diagonalization、gromos; ...
GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件,我们在前面的推文中为大家分享了一些使用GROMACS运行分子动力学的教程,完成分子动力学之后,更重要的是结果分析。本期内容以蛋白-配体复合物的分子动力学结果为例为大家分享常用的结果分析方法。 1.周期性校正