GROMACS视频教程 GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等),研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能...
分子动力学模拟 GROMACS入门教程, 视频播放量 2591、弹幕量 0、点赞数 88、投硬币枚数 46、收藏人数 305、转发人数 20, 视频作者 测试狗科研服务, 作者简介 材料测试丨模拟计算丨同步辐射丨生物实验 | 数据分析丨绘图润色丨埃加智能 | 服务+goxiaomei666,相关视频:动力学
注意,MD运行模拟的总时间(nstlim*dt)应足够长,应足够长的时间(10-1000ns)使分子发生构象变化,并保证分子真正达到平衡且稳定的状态。当然,这也意味着更长的计算时间!越大的分子需要越长的模拟时间 一般通过修改运行次数来控制模拟时间。dt=0.002适用于大多数情况,若过大则造成精度的下降。对于结构难以稳定或是有较...
Discovery Studio Molecular Dynamics教程 Molecular Dynamics – 分子动力学方法 目的：采用Discovery Studio，以一组蛋白-配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件：1sem.pdb 所需时间：1小时 介绍 分子动力学...
Materials Studio教程 5-9利用第一性原理预测BN的芯能级谱 | 华算科技-MS杨站长 6678 27 2:50 App 【Materials Studio】电解液计算课程:分子动力学、溶剂化结构、RDF+配位数、SSIPs、MSD+离子电导率、溶剂化能、静电势、HOMO/LUMO 1835 -- 20:20 App Materials Studio教程 8-3利用DFTB模拟电子输运 | 华算...
分子动力学模拟基础教学6-1 VMD操作演示 26奥然科技 13:39 分子动力学模拟基础教学6-2 VMD操作演示 9奥然科技 04:14 今日份物理知识,如何理解氢分子的薛定谔方程 快来#张朝阳的物理课 一起学习吧 查看AI文稿 1086科技领航员 19:41 gromacs教程2-初步了解分子动力学流程 #分子模拟 ...
设置计算步骤，选择（能量最小化）迭代步数或（分子动力学）模拟时长，选择系综（显式溶剂环境）、恒温器和设置目标温度。实际操作中，建议将计算步骤分成不同任务来计算，根据计算结果调整下一步设置。例如：先计算3步Minimization，看看最终能量是否不再下降而趋于平稳，否则可增设Minimization；再计算Heat和Equilibration...
因此,分子动力学的模拟流程超级简单。第一步,设置研究对象组成原子或者粒子(下面统一称为粒子)初始位置和速度;第二步,基于粒子的位置计算每个粒子受到的合力,并基于牛二定律计算粒子的加速度;第三步,基于加速度计算粒子下一时刻的速度;第四步,基于下一时刻的速度计算下一时刻的位置;第五步,循环第二步到第四步的...
本期微视频教程以软件内置实例为大家演示在Discovery Studio 中如何完成配体-受体复合物分子动力学模拟操作。建议关注微信公众号【叮当学术】查看对应图文教程~, 视频播放量 1.4万播放、弹幕量 4、点赞数 150、投硬币枚数 84、收藏人数 563、转发人数 148, 视频作者 七八分
分子动力学模拟前的准备工作 1 假设已经安装好了软件 2 从uniprot下载一个alphafold2预测的结构进行学习 3 对蛋白进行一些处理 pdb4amber -i input.pdb -o output.pdb -y -d -s :Cl- -s :Na+ 4 输入tleap进入界面,然后 source leaprc.protein.ff14S… ...