在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; a) Edit/Transfer/Object...
本次教程以氯仿-水体系为例,所需模块为View、Dynamics和Structure,为大家展YASARA中本人对于MD模拟的总结,如有不当之处,欢迎指出。1预处理File>LoadorLoadrecent>PDBfile1酶催化分子动力学模拟 atalysisEdit>clean>All注:clean>all其目的是为MD进行一系列的准备工作,包括加氢、优化、修正;个别酶的HIS等残基的质子...
在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; a) Edit/Transfer/Object...
在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; a) Edit/Transfer/Object...
一、受体与配体准备 在Yasara中对dockxxx.yob进行操作,将receptor和ligand分别另存为: (receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb和(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb; 二、分子动力学模拟文件准备 1. 在Yasara中打开(receptorname)-(ligandname)-ligand.pdb和(receptorname)-(ligandname)-receptor.pdb; ...