那我们就开始写in文件,开启LAMMPS模拟的第一步。根据上面说的分子动力学原理,那么第一步就是设置粒子的初始位置和速度?等等。在这之前我们还需要做一些前期准备工作。首先是设置单位制,即涉及到的物理量的单位都是什么。为什么要这么做呢?就是为了能够定量描述我们的对象。回想在高中的著名实验——小球平抛。我们怎么...
LAMMPS是Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator,是Steve Plimpton为主要作者开发一款开源的分子动力学模拟软件。LAMMPS可以模拟固态(金属,非金属,半导体等),液态(水,溶液),软物质(高分子,DNA,蛋白质),粗粒化物质。甚至可以这样说,只要能用分子动力学模拟的东西,LAMMPS就能搞定。事实上,LAMMPS作为一款...
12-1 DPD模拟水,油,两性分子(模拟确认) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(1) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(2) 13-2金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(in 文件) 14-1 水在石墨烯表面行为 14-2 有机分子、气体在纳米孔道中的平衡和非平衡...
Lammps视频教程、分子动力学模拟 dreamboatlzb 编辑于 2024年01月05日 20:26 ERROR on proc 0: Incorrect format of Dihedrals section in data file (../atom.cpp:1210)请问up主,我的data文件是用ms建模然后转换来的,前面的报错信息说dihedrals部分的形式不对是什么原因吗?
对相互作用系数可以不写在data文件,对相互作用取决于原子类型,故也是14种。在read data文件之前要在in文件中先确定相互作用类型。如下图,靠前六行就是在声明。 接下来,是各种相互作用的类型。 随后是原子的类型,因为这是full类型,参考手册,要求声明七项,具体见下下图。然后就是两千多的粒子的数据了。
【LAMMPS】基础教程2—LAMMPS的下载与安装 🌈【LAMMPS】基础教程-01 LAMMPS的下载与安装#LAMMPS #分子动力学模拟 #MS #理论计算 #科研 - MS杨站长于20240929发布在抖音,已经收获了2798个喜欢,来抖音,记录美好生活!
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zhe ge bu cuo
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